同年，朱儁接替周忠為太尉，錄尚書事。
興平元年（194年）秋天，朱儁因日食而免職，又奉命代理驃騎將軍職務，持節鎮撫關東，但未出行。
興平二年（195年）二月，李傕殺死樊稠，郭汜自疑，又與李傕相互攻殺，長安大亂。朱儁留京沒有出行，任大司農。李傕劫持漢獻帝到自己的營中，獻帝命朱儁和太尉楊彪等十多人去說服郭汜，讓他與李傕和解。郭汜不肯，扣留朱儁、楊彪等為人質。朱儁的性格剛猛，當日便過於憤怒發病而死。
人物評價
總評：朱儁鎮壓黃巾，手段過於血腥。但他不附董卓，明顯其節，諷刺遷都，曲表其憤，欲乘傕、汜，更見其深謀遠慮。對此，則應一分為二地給予評價。
歷史評價
陶謙等：「將軍君侯，既文且武，應運而出，凡百君子，靡不顒顒。』故相率厲，簡選精悍，堪能深入，直旨咸陽，多持資糧，足支半歲，謹同心腹，委之元帥。」
虞翻：「近故太尉上虞朱公，天姿聰亮，欽明神武，策無失謨，征無遺慮，是以天下義兵，思以為首。」
范曄《後漢書》：「1皇甫嵩、朱儁並以上將之略，受脤倉卒之時。及其功成師克，威聲滿天下。值弱主蒙塵，獷賊放命，斯誠葉公投袂之幾，翟義鞠旅之日，故梁衍獻規，山東連盟，而舍格天之大業，蹈匹夫之小諒，卒狼狽虎口。為智士笑。豈天之長斯亂也？何智勇之不終乎！前史晉平原華嶠，稱其父光祿大夫表，每言其祖魏太尉歆稱『時人說皇甫嵩之不伐，汝豫之戰，歸功朱儁，張角之捷，本之於盧植，收名斂策，而己不有焉。蓋功名者，世之所甚重也。誠能不爭天下之所甚重，則怨禍不深矣』。如皇甫公之赴履危亂，而能終以歸全者，其致不亦貴乎！故顏子願不伐善為先，斯亦行身之要與！」「2黃妖沖發，嵩乃奮鉞。孰是振旅，不居不伐。俊捷陳、潁，亦弭於越。」
張預：「孫子曰：『將能而君不御者，勝。』雋得假日月而破趙洪。又曰：『善攻者，敵不知其所守。』雋攻西南而掩東北。又曰：『圍師必闕。』雋解圍而降韓忠是也。」
郝經：「嵩儁有大將之略，昧匡時之幾，遂為桀逆所制，不能以功名終。」
蔡東藩：「黃巾之平，皇甫嵩為首功，朱儁其次焉者也。朱儁與皇甫嵩齊名，而謀略不及皇甫嵩，潁川之役，微皇甫嵩，儁且一蹶不振矣；若汝南陳國之平賊，亦賴嵩為主帥，而儁得分功，至移討宛城，兩月不下，必待朝廷之督促，方苦心焦思，用謀破賊，然亦幸遇趙弘韓忠之獷悍無謀，乃得為儁所算耳。」
漢末名將之朱儁
