，尤其是東林黨人，他們視熊廷弼的舉措為對其勢力的直接挑釁。
在熊廷弼的治理下，南直隸的士風逐漸轉向務實，但這也引發了一系列的矛盾與衝突。最為人所知的便是與梅宣祚、湯賓尹等人的糾葛，以及後續的芮永縉事件。熊廷弼對梅宣祚家族的不當行為進行嚴懲，體現了他鐵腕治學的決心。然而，這一事件最終演變成一場政治風暴，荊養喬在離職前對熊廷弼的彈劾，將他推向了輿論的風口浪尖。儘管調查證實熊廷弼並無不當之處，但此事依然影響了他的仕途，使他被迫離開官場，回到家鄉。
熊廷弼在家鄉的幾年間，遠離了政治的喧囂，專注於民生事務，如修橋築堤，過著一種半隱居的生活。直至萬曆四十六年，努爾哈赤起兵，遼東局勢再度惡化，熊廷弼的名字重新被提及。儘管楊鎬試圖阻止熊廷弼的復出，但薩爾滸之戰的慘敗，使得朝野上下一致呼籲起用熊廷弼。萬曆四十七年，熊廷弼終於被任命為大理寺左寺丞兼河南道監察御史，負責安撫遼東軍民。不久之後，隨著開原的陷落，熊廷弼被正式任命為兵部右侍郎兼都察院右僉都御史，經略遼東，承擔起了挽救遼東危局的重任。
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四、臨危受命
萬曆四十七年，熊廷弼臨危受命，肩負起挽救遼東危局的重任。當他帶著尚方寶劍奔赴遼東時，鐵嶺已經陷落，局勢異常嚴峻。沿途所見的遼東軍民向西逃散，熊廷弼立即採取措施，派遣使者勸阻，穩定人心。到達遼陽後，他果斷地逮捕了企圖攜家眷逃離的前知州李尚浩，要求富戶將家眷遷回城內，此舉有效穩定了民心。
面對遼東軍力薄弱，火藥稀缺的困境，熊廷弼採取了一系列強硬措施，包括處決逃將和貪將，設立祭壇哀悼陣亡將士，親自前往瀋陽部署防禦。然而，遼東軍隊的戰鬥力令人擔憂，瀋陽守軍在得知北關陷落後，紛紛逃離，熊廷弼審時度勢，採納了「並沈保遼」的策略，集中兵力守衛遼陽，調整了瀋陽的防禦部署。
在努爾哈赤攻擊瀋陽時，熊廷弼親臨前線督戰，雖然明軍在蒲河所遭遇敗績，但最終守住了瀋陽城，這場戰役雖小，卻讓熊廷弼看到了士兵勇氣的復甦。他在守遼東的一年中，不斷催促朝廷增派援軍和糧餉，但進展緩慢，這讓性急的熊廷弼倍感焦急，他直言不諱地批評朝中大臣的不作為，甚至質問是否還有人關心遼東的存亡。
熊廷弼的直言激怒了朝中某些人，尤其是神宗駕崩後，彈劾之聲四起。太常寺少卿姚宗文首先發難，指責熊廷弼應對後金騷擾的不當和管理上的失誤。隨後，明熹宗即位，對熊廷弼的批評和彈劾繼續升級，御史顧慥和馮三元接連上疏，列舉了熊廷弼的諸多罪狀。最終，吏部尚書周嘉謨等官員決定罷免熊廷弼，他於萬曆四十八年十月十七日與新任經略袁應泰交接，離開了遼東。
熊廷弼的離任並非終點，朝廷還派朱童蒙去遼東查勘其任期內的過失。朱童蒙的報告對熊廷弼的評價較為正面，認為他在遼東的功績遠大於過失，肯定了他保全遼東數萬生靈的貢獻。熹宗據此下旨，嘉獎熊廷弼「力保危城，功不可泯」，並決定適時起用。然而，熊廷弼的命運並未因此而改變，他的政治生涯依舊充滿波折，最終因朝廷的黨爭而陷入不幸的結局。
五、再任經略
天啟元年，遼東局勢再度惡化，遼陽、瀋陽相繼淪陷，袁應泰等官員殉國，遼東形勢一片混亂。閣臣劉一燝將此歸咎於先前罷免熊廷弼的決定，呼籲朝廷重新起用這位經驗豐富的將領。面對遼東的危急，熹宗克服了朝中反對聲音，決定再次任命熊廷弼為兵部右侍郎，隨後提升為兵部尚書兼都察院右副都御史，經略遼東等處軍務。熹宗對熊廷弼寄予厚望，不僅給予他極大的權力，還賜予他尚方劍，允許他先斬後奏，顯示了對他的極大信任和支持。
然而，熊廷弼的第二次經略遼東，並非一帆風順。他與遼東巡撫王化貞之間的分歧，成為了遼東戰略規劃的最大障礙。王化貞主張主動出擊，布防於遼河岸邊，而熊廷弼則認為遼河防線脆弱，主張採取穩守廣寧的戰略，構建堅固的防禦體系。兩人在戰略上的分歧，
