高務實之所以自認為他在兵部一陣搗鼓之後，經世實學改革便已經進入到了新的階段，也是有原因的，其中最主要的原因就是隨著京營被分為禁衛軍和生產建設兵團，五軍都督府的性質出現了變化，甚至在某種程度上可以說，是連朱元璋定下的「軍籍」制度都被他悄悄動搖了。
眾所周知，大明軍民分籍。所謂軍民分籍，就是把老百姓分為兩種。一種是「軍」：每家世世代代要有一個人當兵或軍官。另一種是「民」：世世代代均免除兵役，除非是自願投軍的。
朝廷的戶籍因此也有兩套，一套是軍戶，一套是民戶。
這是來元璋所手創的奇特製度，總的來說綜合了漢的屯田、唐的府兵，與宋的尺籍。朱元璋本人很以此種軍民分籍自豪。他說：「朕養兵百萬，不費國家一錢。」
朱元璋早在占有和州之時，就開始試行軍士屯田：拿下了南京及其外圍以後，更是十分注意於此。他的軍隊，從不缺乏糧餉，因此才能做到對人民秋毫無犯，到哪裡都受歡迎。
洪武元年，天下事已經大定，他開始考慮如何於勝利以後，安頓龐大數量的軍官與兵士。
裁減，編遣，復員，都不是好辦法。
裁誰？不裁誰？編誰？遣誰？復員，復到哪裡去？復到農村，農村吃不消；「退伍軍人」無田，無牛，無農具，無種子，也復不進農村！真要去了，那全都是地方上的不穩定因素。
於是，朱元璋想出了這個軍民分籍的辦法，不僅安頓了兵士，酬庸了軍官，而且替他自己與他的子孫保存了龐大的軍事力量，也就是替大明帝國維持了長治久安的國防軍。
當時朱元璋的辦法大體是這樣的：兵士，每人賞官田五十畝。條件是當兵到老（六十歲）；老了或死了以後，由兒子孫子一代一代地繼承下去。每代只須有長子一人服役，次子以下作為「余丁」，也就是補缺的兵。不過這五十畝田也要納稅（稱做糧），每畝二斗四升，但並不運到中樞朝廷或地方官府，而是集中儲藏起來，預留為可能出現戰事時的軍糧軍餉。
軍官，每人封一個「世官」：最高的是指揮使，管一個衛，其次有「千戶」、「百戶」，管千戶所與百戶所，最小的是鎮撫，有資格管一個總旗或小旗。千戶有正有副，百戶之下有所謂「試百戶」。指揮使與正千戶之間，有所謂指揮同知、指揮僉事、衛鎮撫。
總而言之一共分作九等。
至於大軍官有大功勞的，封為指揮使不夠，那便封國公、封侯、封伯、封子、封男。這五等封爵，不屬於「衛所體系」以內（後來不封子、男兩級了）。
衛所的軍官與兵士，分別居住於指定的地區以內，遍於全國。而全國的衛所，在洪武十三年的時候，共有四百九十三個衛，衛之下各有若干千戶所、百戶所。獨立的干戶所有三百五十九個。
此外，屬於羈縻性質的邊境衛所，也有四百多個。「世官」的總數，在洪武二十三年，有一萬六千五百名左右。「世兵」的總數，有一百二十萬名左右。
當時大明全國的總人口，依照洪武二十六年的統計，是六千零五十四萬五千八百一十二人（註：不確定這個數據的「人口」是不是僅指丁口）。
軍籍單獨開列於民籍之外（其實還有匠籍，屬工部管理），這為「大都督府-五軍都督府」前期的強勢打下了堅實的基礎。
大都督府的往事，限於篇幅關係，這裡就不說了，單說五軍都督府。五府的設立，始於洪武十三年。朱元璋以大都督府事權太重，將大都督府一分為五。「十三年，改大都督府為中左右前後五軍都督府，分領在京各衛所及在外各都司衛所。」
雖然五府的設置目的是為了分化兵權，但這僅僅是對於軍事系統內部的調整，而且朝廷五府所掌管的仍然是一支實力雄厚，能征善戰的衛所軍隊，其在權力基礎上與大都督府時期並沒有改變，所以五府還是繼承了大都督府的一些權力，只是具體到高級將領們手頭的權力，則相應地被分化了一些。
但五府分權並沒有徹底打消朱元璋對於軍權過重的顧慮。用於分治兵權的辦法，除了五府五軍相制這種武臣互制之外，最主要的便是利用文官系統中的兵部去制衡五府。
其實，早在中書省和大都督府尚未廢除之時，這種相制之法就己開始實施。當時，命中書省兵部定給武官誥敕之制。在程序方面不但需要由大都督府將武官資料轉交兵部，又考功監察對其資格審査，再移交翰林院撰文，司文監校勘，中書舍人書寫然後在交由承敕、考功二監等等，一系列繁雜的文移手續之後，兵部才能給予升授。整個過程當中，兵部和大都督府都不可以專擅武官的選用。
最重要的是，兵部設立之後有奉旨調兵之權而無統兵權，五府有統兵之權而無權調兵，「凡軍制內外相維，武官不得輒下符朝廷徵發」。遇有戰事發生，由皇帝命將為帥，兵部奉旨調兵，調五府所掌轄衛所之兵佩印出征。軍還即歸印於朝，兵回衛所。
在這樣的模式下，最大限度朝廷的避免了武將專權的可能性，也使得文武相制的原則在國家制度朝廷層面上確定下來。
總體說來，五府在洪武年間還是具有一定的權勢和地位，由於五府堂上官皆由公侯伯推選，掌握五府機構運轉的主要官員均為武臣，所以五府在一定程度上來說，即為武臣勢力在中樞的代表。
五府代表著武臣在國家當中所占有的地位，其品級高於六部，擁有參政權，可以統轄當時大明的主要軍事力量，這也為朱元璋所認可，並定以為制。
然而，在眾所周知的大肆殺戮功臣之後，五府的力量大為削弱。比如在胡惟庸之獄中被誅殺的延安侯唐勝宗，平涼侯費聚和吉安侯陸仲亨，就曾任大都督府同知、僉事。以及在藍玉黨案中被誅殺的藍玉本人，以及鶴壽侯張翼、舶臚侯朱壽、定遠侯王弼，都曾就任大都督府高級長官（同知、僉事）。
因此也可以說，朱元璋對武臣大加殺戮，背後原因之一就是對於五府軍權的掌控。
再然後，到了英宗土木之變，隨著張輔之死，五府的勢力在朝廷中樞幾乎被一掃而空。而與此同時，中樞之中由文官所掌握的兵部從于謙設置團營起，重要性開始出現飛躍，就更加使得五府的地位一蹶不振。這兩點本書前文有述，就不多說了。
但是，五府的衰落絕不僅僅只是由於其首腦人物被打壓或者戰死，其中還有更加深刻的內在因素，而這個內在因素才是眼下高務實關注的重點。
內在因素是什麼？是衛所的衰落，是軍戶的逃亡、不堪一戰。
按照高務實的理解，明代的以文制武政策固然在很大程度上限制和削弱了五府的地位和權力，但是對於五府為代表的衛所軍事體系來說
