到2月20日，群島軍區才完全占領巴布亞島，僅僅比與荷蘭簽訂和平協議早2天，這讓房良和韓信心驚了好幾天，要是再晚2天占領查亞普拉的話，戰功就遜色一半了。
張偉接到他們的戰報以後，知道他們條件特殊，並沒有責怪他們，而是給他們的回電，要求儘快清繳海盜，占領的每一片領土上，都不允許有其他不受控制的武裝勢力存在。
房良與李江商量後，決定在安汶留1分艦隊外，其他的6個分艦隊都要派出去，在自己所轄範圍內全力清繳海盜。
到2月15日，建立的海盜軍已經到達960人，全部是華人，這些人原來華人，有些在大陸上的時候是漁民，生活不下去了才做海盜的；有些是在南洋生活了幾輩的華人，被荷蘭人逼迫才加入海盜；有些是從越南、菲律賓等地轉移來的海盜。
對身體不適合繼續當海盜的華人，都被秘密安置在不同地區，給他們分發了土地和房屋，以及基本的生活物資，幫助他們儘快成家，以後就安穩的生活，做個普通人。
海盜軍直接歸群島軍區參謀部管轄。
現在這些海盜都被集中在萬鴉老市進行簡單的軍事訓練，接受訓練時間最長的都超過1個月了。他們原來就有很好的底子，否則也不會在殘酷的海盜組織中生存下來，現在有了良好的生活條件，再加上營養搭配均衡的飲食和科學合理的訓練，使這些海盜成員，在很短的時間內就有了質的改變，身體素質更好了。原來身體有疾病的也都得到良好的治療。
現在有營地的廚師專門給他們製作伙食，每日三餐，營養豐富，早上有雞蛋、稀粥、小鹹菜、大餅、油條等，隨便吃，吃飽為原則，但是不能浪費；中午有炒青菜，每人有一條半斤重的紅燒魚，大米飯或大饅頭；晚上是青菜，半碗紅燒肉，有時候是燉的雞肉，主食往往是大包子，也有饅頭和大米飯，還有搭配水果。
訓練的教官是部隊現役軍官，就是一個士兵都是士官，訓練這些海盜那是綽綽有餘。現在有良好的飲食配合，教官也不怕把他們訓練壞了，每天早上起來先是3公里到5公里的越野，開始的時候是徒步越野，逐漸加上負重，負重也損是逐步增加的；越野後是洗刷和早餐，上午是體能訓練，下午是戰術訓練，上午和下午分別打靶20發子彈，固定靶和移動靶分別打10發，臥姿和跪姿各打一半；晚上是文化課和思想政治課。
張偉為了加強這些海盜的軍事力量，專門購買了2000支委員會1888步槍，50挺麥德森輕機槍，20挺馬克沁重機槍，6門75mm克虜伯山炮。並安排萬鴉老市的船隻維修廠，對海盜那些破船進行了維修和改造，把風帆船全部淘汰，只留下一些以蒸汽輪機為動力的船，並把這些船的燃煤鍋爐改為燃油鍋爐，增加航程和航速，武器系統也做了相應的改造，全部換成速射炮。
現在張偉下達了清繳海盜的命令，這些經過簡單訓練的海盜立刻成了先鋒軍，從他們當中選出素質最好的組成了6個戰鬥排，每個排40人。每個排協助1個分艦隊。由於他們更熟悉海盜的特性，知道他們的老巢，很多人與其他海盜組織有聯繫，甚至在其他海盜組織中有熟人，這大大加快了清繳速度，甚至還策反了一些小的海盜組織，讓他們直接就加入了現在的海盜軍。
對不願意投降的海盜，這次是堅決打擊，絕對不能在群島軍區的管轄區域內存在海盜。
對於投降的海盜，其中身體素質合格的華人，被分到海盜軍中去訓練，對於其他種族的海盜，被組成了一支僱傭軍，準備讓他們專門執行一些特殊任務。僱傭軍直接歸分給了2個師管轄，並負責他們的訓練。
截止到3月底，群島軍區所轄範圍內已經沒有海盜出沒了，經過淘汰，現在海盜軍已經達到4300人，僱傭軍達到6000人，每個師分了3000人的僱傭軍。對身體不適合參軍的華人都安置到各地區了，對身體不合格的非華人，就被秘密解決掉了。
對清繳海盜所獲得的財富，讓張偉大為高興，只是金銀，不算其他物資，折合成白銀超過1000萬兩。這讓張偉決定，以後要把海盜當成一項事業來經營，而且要讓這項事業發揚光大。
海盜軍全部在萬鴉老接受軍事訓練。
為了加強海盜軍以後再海上
