國而來的僧人，至該地旅行，詢問當地武士是否願意學習一種融合了身心的武術，而這就成了忍術的起源。忍術不同於日本神道中的忍法，忍術一般為軍事而使用。
從古自今以來，忍術和忍者都被籠罩在傳奇與神秘色彩之中，雖然在傳說與文藝作品中忍者被描述成具有神秘力量的隱形戰士，但事實上，真實的忍者是古代日本軍事活動中最低等的下級士卒，多數忍者出生卑微，來自社會底層，無法享有一般武士的社會、政治地位和待遇，是終生為了主君的政治、軍事利益而隱蔽活動在不為人知的角落的秘密戰鬥工具。
古代忍者的主要軍事任務是負責搜集情報及暗殺敵方首腦主將等，因而忍術的內容構成也比較複雜，除了一般各種徒手、器械的古流武術實戰技法外，還包括情偵諜報、潛伏暗殺、易容改裝、火器藥功、越野泅渡、攀騰縱躍（類似中國傳統武術中輕功、夜行術的技巧）等一切與之目的相關的體能、技能訓練。
江戶時代由於江戶著名名劍術兵法世家柳生家族出任德川幕府的將軍家兵法指導（武術師範），並身兼當時天下忍軍的總頭目，負責暗中指揮所有忍者的行動，所以近世忍者所習的武術技藝大多都是以柳生新陰流一系及與之相關的古流武術為主。
又因為忍者多是秘密活動，平常大多數時候不可能如普通武士一樣光面堂皇的帶刀行動，所以忍者除了必須掌握一般的劍術、柔術等武術技藝之外，也經常配備各種短兵器（如小太刀、短刀、十手、棒杖、鐵甲手鉤等）和暗器（如手裏劍、小型弓弩等）以作護身之用。
另外，忍者為了完成諸如長途奔襲、秘密潛入或潛伏暗殺等特殊任務，還裝備有各種獨特的相關道具與器械，如渡水過河時以充氣皮囊當作簡易舟具的水蜘蛛、攀越城池牆垣的長索繩梯以及必要的藥物火器等。
忍者通過特殊訓練掌握「忍術」成為特戰殺手、特戰間諜，甲賀忍者結合中國歷代武學精華寫成了集忍道、忍術、忍器於一體的忍者修行方法，忍者修行出了體力還結合了佛教密宗，陰陽學，咒語，藥物學等，例如：古代忍者佩戴流鏑配合「四靈物、修羅、明神鳥居」3個結押產生冥想術把人引導到解脫的境界制服心靈（心思意念），並超脫物質慾念。感受到和原始動因直接溝通。是把心、意、靈完全專注在原始之初之中。從而達到感知未來，避免凶煞的方法。
古時忍術主要有伊賀、甲賀兩大派系，另外還有猿飛、戶隱等其它流派，但由於時代與環境的變遷，現代日本已少有忍術流派的傳承了。
忍者的出身多半來自農民，而不是出身高貴的武士。忍術的山中伏擊技巧、來自住在大和、吉野、鞍馬、根來、伊賀的山地戰經驗。京都則是忍術中使用的法術陰陽道發祥地、因為不遠處有比？？、高野等佛教密宗的本山。忍術的武芸面來自柳生流劍派、寶藏院流槍術。
忍術的理論基礎是由中國傳來日本的孫子兵法而來，之後再加上修練道，以及在山中的伏擊技巧發展而成。在平安時代時，由於武士階級興起，在山中伏擊的兵法就由武士去發展。在源平時代，學會在山中伏擊的源義經成功的使用了山中伏擊的技巧，完成了攻擊面戰法的理論。在南北朝時代，楠木正成發展出防禦面的兵法，在此同時，忍術跟武術才分開成不同的系統。
忍者這種超人的本領是從小經過艱苦的特殊訓練獲得的。忍者家庭的小孩不論男女，都必須繼承祖先的職業傳統，一般從五歲開始就接受訓練。訓練的種類有五種，即平衡、靈敏、力量、持久及特殊技巧。
平衡訓練從走竹竿開始，當能夠在滾圓的竹竿上行走而不滑下，就將竹竿逐漸升高，最終要升到三四十尺高，達到奔跑跳躍如履平地的境界，這樣就能在樹上、屋頂及牆頭上下攀援，行走如飛。
持久及力量的訓練最為艱苦，如雙手掛在樹上，支持全身，下面放滿暗器，不容你鬆手跳下，以恐懼來激發體內的潛能作長久的支持。長跑更是忍者的基本功，要求連續跑上五十公里路而不停下來休息，日行百里是家常便飯。
至於特殊技巧訓練就更令人吃驚。除了上述說過的，還有徒手搏鬥，投毒解毒等。化裝術更是忍者的特長，他們能製造人皮假臉，改換性別。有人做過一個試驗，讓一個忍者在人群中穿行，由幾個
