率領曹變蛟、馮舉、張嘉謨及其參將方茂功等追上他們，衝鋒陷陣，拼命廝殺，農民軍又大敗。
不久曹文詔與寧夏總兵賀虎臣、固原總兵楊麒在甘泉虎兕凹打敗農民軍，都大獲全勝。
總兵洪承疇在平涼斬了滿天飛，降服其將領白廣恩，其餘的農民軍分路逃竄了。曹文詔趕到隴州、平涼、鳳翔之間追殲他們。
這年十月，三次戰鬥三敗農民軍。接著就逼向耀州錐子山的農民軍，其黨羽殺死獨行狼、郝臨庵後投降了。洪承疇殺了其中四百多人，其餘的遣散回家。關中的農民軍這下子略略被剿平了。
巡撫御史范復粹在遞給朝廷的奏章中總計歷次戰鬥中共獲首級三萬六千六百多，曹文詔的功勞第一，張嘉謨第二，王承恩、楊麒又在其次。文詔在陝西時，大小几十次戰鬥，立功最多，洪承疇卻沒有給他記功。巡按御史吳生生十分推重文詔，復粹也再次上書匯報，但兵部還是壓低他的功績，最後還是沒有給曹文詔論功行賞。
在這個時候，農民軍看到陝西兵力強盛，就大都流入山西，他們的首領紫金梁、混世王、姬關鎖、八大王、曹操、闖塌天、興加哈利分別統帥七大營部。
每部人數多的有一萬人，少的也有五千人，在汾州、太原、平陽等地肆意活動。
御史張宸極上書朝廷說：「賊寇是從陝西來的。陝西將領曹文詔素有威名，士紳百姓為他編歌謠稱讚說：『軍中有一曹，西賊聞之心膽搖。』而且他曾經在山西立過功，陝西的賊寇已消滅殆盡，應該下令讓他進入山西幫助圍剿賊寇。」於是朝廷命令山西、陝西的各位將領一同受曹文詔指揮。
崇禎六年正月，曹文詔抵達霍州，在汾河、盂縣打敗農民軍，又乘勝追擊到壽陽。巡撫許鼎臣派遣謀士張宰在大軍趕到之前先期嘗試著跟農民軍戰鬥，賊寇給驚退了。
二月，曹文詔追擊他們，在碧霞村殺了混世王，剩餘的農民軍被猛如虎驅趕跑，在方山同曹文詔的軍隊相遇，又被打敗，五台、盂縣、定襄、壽陽的賊寇都平定了。
許鼎臣命令曹文詔駐軍平定，防守太原的東部，命令張應昌駐軍汾州，防守太原西部。曹文詔接連又在太谷、范村、榆社等地打敗農民軍，太原的農民軍差不多被剿平了。
朱由檢因為曹文詔立功最多，命令他所經過的地區多積攢糧草犒勞他的兵馬，並且敕令曹文詔儘快鎮壓農民軍。山西監視軍情的宦官劉中允上書說：」曹文詔在徐溝、盂縣、定襄圍剿賊兵時，這些地方的主管部門不但不給他們稻米，反而用大炮打傷他們的士兵。「朱由檢就把此事交給御史察問。
三月，農民軍從河內登上太行山，文詔在澤州打敗了他們。賊兵逃往潞安曹，文詔到陽城遇到農民軍沒有打擊它，而是從沁水偷偷地出兵拐回來。在芹地、劉村寨襲擊他們，斬獲了千餘首級。
四月，農民軍屯兵潤城，另外的隊伍又打下了平順，殺害了知縣徐明揚。
曹文詔一到，農民軍就撤退了，於是曹文詔半夜裡襲擊潤城，斬獲農民軍一千五百人。
紫金梁、老回回從榆社逃往武鄉，過天星逃往高澤山，曹文詔都趕去把他們打敗了。
另外的賊兵圍攻涉縣，聽說曹文詔打下了黎城，就趕忙解圍離去。
五月，朱由檢派宦官孫茂霖做曹文詔軍中的中軍官。
農民軍攻打沁水，曹文詔把他們打得大敗，活捉了他們的首領大虎，又在遼城毛領山西面打敗了他們。
農民軍在屢次戰敗的情況下，避開曹文詔的主力，大都流向黃河以北去了。
朱由檢帝於是命令文詔移兵前去討伐。
而農民軍已在林縣打敗了鄧玘的軍隊，曹文詔率領五營兵力夜晚出襲，打敗了他們。
七月又在柴陵村打敗了懷慶的農民軍，斬殺其首領滾地龍，又在林源追殺了老回回。
曹文詔在洪洞時，同當地休閒在家的御史劉令譽不和。
到這個時候，劉令譽來按察河南。
四川石石主土官馬鳳儀的軍隊在侯家莊被打敗，靠著曹文詔的快馬趕到才打退農民軍。
戰鬥結束後曹文詔剛剛解甲休息，同劉令譽見了面，說話又不投機。
