是對系統的徹底修正，新的系統還是會產生自己的歌德爾命題，從而繼續這個輪迴。這就是為什麼在尼奧之前會有五任救世主的原因。
按照建築師最初編寫救世主時的任務，救世主的使命就是在錫安運行一段時間後，將錫安的代碼帶回到mat日x的源程序進行重裝，同時機器摧毀錫安，完成mat日x系統的升級。之後救世主將按照初始設置，帶領16女7男返回真實世界，再開始重建錫安，等待下一代的救世主。而尼奧與前任們不同的是，建築師在他的意識中編寫了關於愛的編碼，這本來是系統處於不斷升級的需要，也是考察人類反應的新實驗。但這個關於愛的編碼，不但導致了尼奧在第二集中做出違背程序設置的選擇，而且在第三集中將「愛情」升華為對世人的憐憫也就是博愛，從而最後終結了戰爭，終止了矩陣和錫安之間的循環。
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做好了初期準備的申若愚自己也沒閒著，他一邊利用自己的精神力分析著這個世界的規則以及後面的第二層虛擬世界，一邊十分高調的在人類社會中擴大著自己的影響力。甚至出錢在許多國家都買了貴族或者皇室的頭銜。雖然沒什麼意義。但是想來就算是虛擬世界，母體或者說矩陣如果不想造成社會崩潰的話，沒有充足的理由證據也無法輕易地對他動手吧？
畢竟虛擬世界也是有其規則存在的，就如同現實世界一般，如果只是一個屁民抓了也就抓了，甚至殺了也沒什麼，但是如果是一個有權有勢的人，你無緣無故的去動人家試試？！不搞得你回家種田都算是人家沒本事。而且就算是你強制將那有權有勢的人抓了，如果沒有理由和證據的話一定會引起所有有權有勢的恐慌的，因為今天你可以你可以沒有理由的去抓別人，那麼有一天是不是你也會沒有理由的就來抓我呢？所以那些有錢有勢的人一定會想法設法的去阻撓和抗議這種做法的，就算是那些病毒特工可以瞬間替代所有的虛擬人物，但是想來不會所有的有錢人都是虛擬的吧？這些人任何一個被殺或者失蹤一定會引起很大的社會動盪的，再加上如果申若愚有意的煽動之下，社會直接崩潰或者發生什麼世界大戰也不是不可能~！
因此雖然是虛擬世界，聲望和勢力以及金錢也是有著一定作用的~！
不提申若愚在虛擬世界中搞風搞雨，在哪裡刷聲望和人脈。尼奧此時也在劇情的推動之下經過了一番磨難之後也獲得了「新生」。回到了真正的現實中，逃離了矩陣。而與劇情不同的則是多了一個珍妮，在經過了一番適應和解釋之後，在莫菲斯訓練下，尼奧漸漸展露出與其他覺醒者的不同之處，讓莫菲斯也更加肯定他就是救世主，而珍妮的表現也相當出色，對於各種技能和文件的下載能力也十分強悍，同時她對於新食物的接受能力十分出色，因此很快成為了繼墨菲斯，翠蒂妮，還有尼奧之外的新的核心人物。
在順利的執行了幾次任務之後，尼奧和珍妮得到了充分的訓練，他們穿著炫酷的皮質風衣走在人來人往的街頭和各種陰暗的小巷和房間，看著周圍的人群仿佛是在看一群群只知道按照程序運行的傀儡，在了解了母體的存在意義之後，他們那看似依然單薄的身體也能夠發揮出母體所限定的體力上限，這更讓他們擁有了和警察以及電腦特工相對抗的資本，可惜的是那些只是程序卻沒有固定載體的特工幾乎是不死的存在，他們即使被消滅了也依然可以隨時占據別人的身體復活，這一憑仗就能讓它們始終立於不敗之地。
幾次險死還生之後，珍妮和尼奧都逐漸成熟起來，這讓墨菲斯和翠蒂妮都感到十分的欣慰，這期間珍妮和尼奧等人也來找過申若愚，甚至尼奧在覺醒之後還提出過和申若愚較量一番的要求，當然不用說其結果大家也能想到，申若愚只用了一隻手就差點將尼奧虐出翔來，這一結果叫墨菲斯大為吃驚，原本以為申若愚只是一個比較特別的程序或者對母體感應比較明確的人類而已，卻沒有想到申若愚對于格斗還有自身力量的使用以及開發竟然是這麼強大，看著申若愚一隻手眼睛也不睜的就將尼奧多次打倒在地之後，墨菲斯第一次對尼奧救世主的身份產生了懷疑，他甚至覺得申若愚才是真正的救世主！
有些
第一百六十六章 尼奧覺醒
