世紀福音戰士》最開始的時候。
當時碇真嗣也是因為看到了綾波麗的出現，接著又消失，才開始了接下來的故事的。
就像是某種首尾呼應。
碇真嗣頓時起身坐了起來，然後他看到了旁邊的明日香。
可是在接下來寂靜無聲的場景過渡中，下一刻他再出現，竟然坐在了明日香身上，然後
雙手像之前他和明日香對話的劇情中那樣，掐住了明日香的脖子！
「不是吧？！」
在被窩裡的林盛傑看著這一幕，忍不住說道，「難道碇真嗣還恨著明日香？真的要把明日香掐死？！」
其他觀眾們也都很緊張，難道拒絕了補完的明日香還是會被醒悟了的碇真嗣掐死？！
在他們背後，是一片血紅色的大海，兩台量產機EVA張開雙臂如同十字架矗立在那裡。
而碇真嗣真的雙手都在用力，身體甚至都有些因為發力而顫抖著死死掐住明日香的脖子。
明日香完好的那顆眼睛此時睜開來，似乎是被碇真嗣的行為給弄醒了。
她看著眼前掐住她脖子的碇真嗣，卻是眼神平靜。
然後她的右手卻緩緩動了起來，她緩緩抬起手，卻是輕柔地撫摸了一下碇真嗣的臉龐。
似乎是理解了碇真嗣一樣。
然後碇真嗣似乎釋懷了，或者是他證明了自己真的回到現實，明日香也回到了現實一樣。
他放開了手，在明日香身上放聲大哭起來。
這個時候，明日香的眼神終於有了變化，她看向了身前的碇真嗣，卻是說出了這麼一句話——
「你真噁心」
然後全劇終。
接著卻是那個讓人無比熟悉的BGM《殘酷天使行動綱領》再度響起——以及大結局的特殊結尾。
林青山根據前世《EVA》漫畫版劇情大結局製作的後續，以《殘酷天使行動綱領》的MV的方式播放了出來。
後面並不是地球徹底只剩碇真嗣和明日香，他們並不是神話當中的亞當和夏娃，需要只靠他們再度繁衍出一個文明出來。
只是碇真嗣和明日香是最早靠自己的力量拒絕補完，最早恢復人形的人類而已。
而後面在補完狀態的人類，隨著時間的推移，會慢慢靠自己的力量回來的。
漸漸的，原來大部分想回來的人類，都拒絕了補完，靠著自己的力量回到了現實。
城市和文明也被重新在深埋的地底中找到，以此再度建起新的城市和文明。
不知道過去了多久，在被冰雪覆蓋的城市中。
碇真嗣和以前的朋友——鈴原、劍介和其他同學在MV里打招呼，然後踏上了地鐵，地鐵中人潮擁擠。
他卻是再度遇到了明日香。
二人互相對視一眼，相視而笑，對過去的回憶他們仍有記憶，此刻也都釋懷了。
在《殘酷天使行動綱領》最後的歌聲中——
「少年啊去變成神話吧——」
碇真嗣到站之後，走出地鐵露出了笑容，從他看向城市的笑容來看，他不再迷茫，而是對未來充滿了信心。
自此《新世紀福音戰士》到此完美收尾！
觀眾們也都紛紛在彈幕上打字——
「少年啊！去變成神話吧！」
「完結撒花！」
「神作！必須神作！」
「太棒了這個大結局！真的神了！比《Fate Stay Night》還要好的神作！」
「這個大結局！只能說青山老賊牛比！！！」
「感謝陪伴！完結撒花！」
「青山老賊無敵了！！！」
「青山老賊！我的精神病人！」
「近幾年來，又一封神級別的動畫！青山老賊牛比！！！」
「天下第一漫畫家青山老賊！！！」
「不愧是你！精神病人！」
《新世紀福音戰士》這最後大結局上映完後，已經是差不多凌晨一點了。
畢竟這一集大結
