祖成吉思汗的直系後裔。清朝政府統一新疆以後，於1762年、1763年分兩次調防張家口外察哈爾蒙古官兵至新疆，小部分留烏魯木齊，大部分至伊犁組成察哈爾營，設一領隊大臣統領之，駐防於伊犁、博爾塔拉等地，至民國時期，察哈爾營官兵退伍為民。和碩特蒙古為厄魯特蒙古四部之一，初遊牧於額敏河兩岸到烏魯木齊一帶的廣大地區。1637年，一部分徙牧青海，一部分和碩特蒙古則與土爾扈特部一起遷至伏爾加河流域。1771年，與土爾扈特一起返歸祖國，被清朝政府編為一盟，安置在博斯騰湖畔，隸喀喇沙爾辦事大臣管轄。土爾扈特蒙古為厄魯特蒙古四部之一，原遊牧於塔爾巴哈台及額爾齊斯河中游兩岸。17世紀30年代，西遷至伏爾加河流域定居，歷七代八位首領，近一個半世紀。
1771年，因不堪忍受俄國的壓迫和奴役，在首領渥巴錫的率領下舉族東返，回歸祖國。清朝政府熱情接待，妥善安置。渥巴錫所部被稱為舊土爾扈特，分南、北、東、西四路，設四盟，遊牧於裕勒都斯、和布克賽爾、庫爾喀喇烏蘇(今烏蘇)、精河一帶。舍楞一支被稱為新土爾扈特，置二旗，安置在阿勒泰地區。
柯爾克孜族。清代被稱為布魯特，天山以北稱為東布魯特，天山以南布魯特稱為西布魯特。
1758年，東布魯特五部落歸附清朝。1759年，西布魯特十五部落歸附清朝。於是，浩罕汗國以東、伊犁西南、喀什噶爾西北、伊塞克湖周圍、帕米爾和喀喇崑崙山一帶廣大柯爾克孜族地區全部歸屬清朝政府管轄。1864年，沙俄強迫清朝政府簽《中俄勘分西北界約記》後，伊塞克湖、楚河、塔拉斯河、納林河流域的布魯特部落被劃屬俄國。1884年，中俄簽訂《中俄續勘喀什噶爾界約》，又有一部分布魯特部落劃歸俄國。19世紀
90年代，英、俄兩國背著清朝政府私分中國領土帕米爾以後，受清朝政府管轄的布魯特所剩無幾。至清末，柯爾克孜族主要分布在今柯爾克孜自治州、烏什、喀什、塔什庫爾干塔吉克自治縣，以及北疆的伊犁、塔城等地區。
塔吉克族。主要分布於今新疆西南部，其活動中心在塔什庫爾干一帶。漢唐時期，因其建立蹦盤陀政權，被稱為盤陀人，曾隸屬於中原王朝統一管轄。宋元及其以後，先後受喀喇汗朝、西遼、蒙古帝國、察合台汗國、葉爾羌汗國的統治，稱為色勒庫爾人。清朝政府統一新疆後，設色勒庫爾五品阿奇木伯克等，管理地方事務，受葉爾羌辦事大臣直接管轄。語言屬印歐語系伊朗語族。
漢族。從西漢時期始，大批漢族人相繼進入西域，魏晉南北朝時期主要聚居在樓蘭、高昌。唐代聚居在伊、西、庭三州及四鎮之地。後來，大批漢族人被融合於當地民族之中。清朝統一全國後，新疆漢族人口大量增加，成為農業開發的生力軍。主要分布在巴里坤、木壘、奇台、烏魯木齊、昌吉、瑪納斯、伊犁地區。隨著屯墾事業擴大，內地民眾陸續遷往南疆各地，喀喇沙爾(今焉耆)、吐魯番、哈密、和田等地，漢人逐漸增多。至清末，漢族已分布在全疆各地。
回族。清代稱新疆的回族為「漢回」。清代前期，因屯墾、被遣送等到新疆的回族居民主要分布在北疆烏魯木齊、昌吉、米泉等地，經商者也到南疆葉爾羌(今莎車)、喀什、阿克蘇、庫車等地。1877年清朝平定阿古柏後，回族被安排在喀喇沙爾，使喀喇沙爾成為回族聚居區之一。至清末，回族已遍布全疆各地。
滿族、達斡爾族、錫伯族。清代由內地遷入新疆。滿族，從清朝用兵新疆起，就不斷有滿族人進入新疆，包括官員、駐防軍隊、家屬及屯墾人員等。錫伯族、達斡爾族，原居住在我國東北地區。1764年，清政府從東北調遣錫伯營、索倫營到新疆伊犁、塔城一帶駐防。辛亥革命以後，滿營、索倫營、錫伯營官兵退伍為民，形成新疆的滿族、錫伯族、索倫族，主要分布於伊犁、塔城、烏魯木齊、古城(今奇台)等地。1953年改索倫族為達斡爾族。烏孜別克族、塔塔爾族、俄羅斯族，是清代從外國遷入新疆的。
18世紀初，烏孜別克人在中亞費爾干納盆地建立浩罕汗國。1759年，浩罕首領額爾德尼向清朝將領兆惠奉表稱臣，成為清朝藩屬。烏孜別克人到新疆經商，被稱為「安集延人」，他們積聚財富，自
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