由於進士晴舍突然切腹自盡後，使得二條御所中突發吵雜、尖叫，讓二條御所外的三好義繼認為是足利義輝打算製造混亂趁機逃出京都，就下令麾下軍勢立即用破城槌撞開了二條御所的大門。
可足利義輝在早年曾接受上泉信綱、冢原卜傳二人的指導，是整個扶桑歷史上武術最為精湛的征夷大將軍，世人稱之為「劍豪將軍」。
在三好軍湧入二條御所之前，足利義輝就已經命奉公眾將自己珍藏的所有太刀一一拔出，並插在地板上。
足利義輝見二條御所的大門被攻破後，立即手持太刀率三十餘名奉公眾與突入二條御所中的三好軍展開近戰。
此時的足利義輝宛若戰神一般，太刀鈍了立馬上換一把新的，威風赫赫勇不可擋，見一個斬一個，來兩個斬一雙，他的刀光如同鬼魅般閃爍，三好軍的足輕、武士一個又一個倒在地上。
兩個時辰過後，陳屍在足利義輝身邊的三好軍屍體竟然有幾十具。
然而，失去耐心的三好義繼就令鐵炮隊上前，向著還在揮舞著太刀的足利義輝進行集火射擊。
為了不讓足利義輝被鐵炮的彈丸擊中，奉公眾中的荒川晴宣、荒川輝宗等人就主動站在足利義輝的身前，替他擋住了一輪鐵炮集火射擊。
儘管荒川晴宣、荒川輝宗等人捨命為足利義輝擋鉛彈，可足利義輝還是被鉛彈打穿了左腿，在其餘奉公眾的攙扶下退入大廣間中。
而後，三好軍在弓足輕和鐵炮足輕的火力掩護下，大量沖入大廣間中，與奉公眾展開近戰。
由於奉公眾的人數實在過於寡少，進士藤延（進士晴舍之子）、彥部晴直、彥部輝信、杉原晴盛、小笠原稙盛、沼田光長、細川隆是、武田輝信、攝津糸千代丸（攝津晴門之子）等奉公眾先後被三好軍所討取。
足利義輝也因寡不敵眾，被三好軍用障子壓在身上，用大量長槍勐刺，幾乎被紮成篩子而亡。就這樣，一代劍豪將軍魂歸離恨天，享年三十歲。
三好義繼得知足利義輝已經身亡後並不解氣，還下令燒毀二條御所，將足利義輝留在二條御所的家卷盡數處決，一個不留。
於是，足利義輝之母、前關白近衛尚通（近衛前久的祖父）之女慶壽院以及側室小侍從、嫡子足利輝若丸等十餘人也一同遇害，僅有一女耀姬被石谷光政趁亂帶出，逃入了上杉家擔任足利將軍家取次、青苧奉行的神余親綱府中，請求神余親綱能夠儘快安排他們進入上杉家的領國之中避難。
畢竟，在眼下這般局勢中，石谷光政只能想到依靠上杉家了。畢竟以三好家的實力還不敢公然與上杉家為敵，只要自己能經若狹、越前兩國進入加賀，那麼安全就能得到保障了。再怎麼說，上杉家也是足利將軍家麾下的強力大名，擔任上杉家家宰的八條景定更是出自足利將軍家的奉公眾之後，總不會把自己與年幼耀姬送給三好家吧？
石谷光政最終賭贏了。
神余親綱本就是府中長尾家的譜代旗本眾出身，而且還被上杉謙信派往京畿負責與朝廷、足利將軍家進行聯絡以及販賣越後特產青苧。他在得知三好義繼率一萬餘大軍攻入二條御所後吃驚的下巴都快掉到地上，哪怕是與足利義輝關係極差的家宰八條景定都從未想過要發兵攻殺足利義輝，身為管領代的三好義繼竟然會公然發起下克上，將足利義輝殺害。
隨後，神余親綱就收留了石谷光政和耀姬，並為他們安排逃往上杉領的安全路線。
因三好義繼是在光天化日之下，公然率軍攻殺時任征夷大將軍、武家棟樑的足利義輝，這個消息很快就傳遍了京畿諸國。各地大名在聽聞三好義繼那喪心病狂的下克上之舉紛紛表示簡直聞所未聞，難以置信。
等到二條御所被完全燒毀後，三好義繼突然想起足利義輝還有兩個正在出家的弟弟。本著斬草除根、不留後患的原則，他就下令三好三人眾、松永久秀立即將足利義輝的兩個弟弟周暠和覺慶暗殺。
而松永久秀當時正身在大和，與筒井家持續交戰中，只是接受了命令，但沒有真的動手，反而將覺慶軟禁在興福寺中。
至於周暠就沒那麼幸運了，很快就被三好軍暗殺。
不過，朝廷方面反而對於足
第四百六十五章 永祿大逆
