由於六角義賢、六角義治父子二人是趁著新年過後以及三好軍突襲本國寺之際舉兵，故而導致留守南近江諸郡的織田家諸將、淺井家諸將對此皆是措不及防。
雖然織田信長身在美濃岐阜城，但並不代表他對南近江前線的敵我雙方態勢一無所知。
織田信長深知六角家餘孽意圖在於速戰，因為六角義賢、六角義治父子根本沒有穩固的後方，更沒有充足的糧草補給，一旦戰事遷延日久，那麼與烏合之眾無異的六角軍必然會上下離心，不戰自潰。
故而，織田信長一面迅速徵召軍勢；一面要求留守在南近江各處重鎮要地的柴田勝家、左久間信盛、中川重政、森可成等人聯合南近江諸郡的國人領主儘量堅守不出，等待己方援軍抵達。
而南近江諸郡的局勢發展也正如織田信長所料想的那樣，六角義賢、六角義治父子在大肆招攬舊臣、浪人之後，雖然兵力擴充至八千餘眾，但是六角軍的糧草輜重很快就供應不上了。
六角義賢、六角義治父子為了解決己方的糧草問題，很快就將目光轉向了屯有大量糧草輜重的長光寺城。
永祿十一年，二月。
六角義賢、六角義治父子集中兵力向長光寺城攻去，一路連克箕作城、布施山城、馬淵城等地。進藤賢盛、永原重康等人得知箕作城、布施山城、馬淵城等地陷落的消息後，更不敢攖其鋒芒，連夜帶著馬廻眾放棄後藤城逃往長光寺城、八幡山城等地。
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因淺井家重臣淺井山城守、淺井井規、樋口直房等人放棄觀音寺城、尹庭城、山崎城等地，導致織田軍的側翼處於不設防狀態，而長光寺城中也只有柴田勝家、進藤賢盛、永原重康等人所統轄的一千兩百餘守軍。
柴田勝家在六角軍不斷迫近的情況下急中生智，命麾下守軍往返傳呼、吹響法螺，裝出大量軍勢正在集結的樣子。
而六角義賢、六角義治父子卻不知是計，還以為織田·淺井聯軍已經大舉南下。最後，六角義賢、六角義治、三雲定持等人在商議一番後決定退兵返回鯰江城進行休整。
柴田勝家為了提升己方士氣以及削弱六角軍實力，就趁著六角軍在後撤之際發起夜襲，並在夜襲中擊潰六角軍一部，並討取自六角家重臣三雲定持以下兩百餘人，這才穩定了長光寺城、八幡山城一帶的戰線。
之後，柴田勝家見六角軍本隊遠去，就立即出兵奪回了箕作城、布施山城、馬淵城、後藤城等地。
六角家家臣真光寺周揚、大原高賢、三井治秀等人見麾下軍勢士氣低落，根本不願與織田軍交鋒，就先後敗走鯰江城，前去與六角義賢、六角義治父子合流。
柴田勝家在奪回失地後並不打算孤軍深入，反而是下令堅壁清野，同時令左久間信盛、森可成等將麾下的騎馬武士不斷抄掠六角軍的糧草輜重。
如今的六角軍欲戰不得，軍糧又難以及時供給，軍心很快開始動搖，不少人起了思歸之心。
可以說此次六角義賢、六角義治父子幾乎是押上了所有本錢，他們不僅招攬了不少舊臣，甚至還招募了不少浪人、尹賀眾隨其一起行動。
但是六角軍並沒有順利攻落屯有大量糧草輜重的長光寺城，再加上他們的糧道還被織田軍切斷了。
不久之後，六角軍糧盡，軍營之中又疫病叢生，每天都有餓死、病死者。六角義賢、六角義治父子在萬般無奈之下只得命永原遠江守、真光寺周揚、大原高賢等人分兵對附近村落、城下町進行濫妨狼藉。
至於六角義賢、六角義治父子則是繼續率主力前去包圍長光寺城，並切斷了長光寺城的水源。
長光寺城在被六角軍切斷水源後僅剩下三瓶水，但柴田勝家並沒有因此而感到絕望，反而發覺破敵的時機已至，決定對士氣低落、糧草告罄的六角軍發起總攻。
三月十五日，大雨晦暝，柴田勝家不待織田信長所率的援軍抵達，就打破城中僅剩下的三瓶水，並下令全軍出陣。
柴田勝家本人更是一馬當先，接連擊潰六角軍永原遠江守、真光寺周揚、大原高賢等部，一時間六角軍大潰，被討取者更是多達兩千人。
就連六角義賢
