一、嚴懲會斐
嘉慶元年（公元1796年），正值清朝中期，社會矛盾日益顯現，國家面臨著內憂外患的雙重壓力。這一年，由於杭州和乍浦兩地的駐軍撫恤金發放出現了延遲，導致汪志伊被彈劾。按照當時的法律，這種情況下通常會受到嚴厲的懲罰，但考慮到汪志伊一貫良好的品行和個人操守，皇帝特別下令對他網開一面，沒有按照常規降級調用，而是出於對其過去貢獻的認可，授予了他江西按察使的職務。
到了嘉慶二年（公元1797年），汪志伊的職業生涯再次迎來轉機，他被晉升為福建布政使，僅僅幾個月後，便被進一步提拔為福建巡撫。這一時期，東南沿海地區的海盜活動異常猖獗，給當地的經濟和社會穩定帶來了極大的威脅。對此，當時的皇帝仁宗（即嘉慶帝）給予了特別的關注，並希望找到有效的解決辦法。
在任福建巡撫期間，汪志伊多次向朝廷上書，提出了一系列關於加強海防力量和改進地方治理的建議。他認為，海防軍力不足且缺乏人才是導致海盜橫行的重要原因。為此，他建議放寬選拔標準，允許本地人才擔任副參及以上級別的職務，並在較低級別職位上實行跨省調配，以此來補充海防部隊的人力資源。同時，他還提出了對於征糧過程中過於嚴厲的處罰制度進行調整的意見，認為應當根據實際情況靈活處理官員的晉升和調動，而不是機械地遵循規定。
汪志伊的建議得到了皇帝的認可，並被採納實施。此外，他還響應了朝廷對於打擊非法社團以及械鬥等惡劣行為的要求，採取了一系列措施來強化法律秩序，改善社會風氣。
二、解職
嘉慶五年（公元1800年），汪志伊在擔任福建巡撫期間，向朝廷報告了漳州和泉州一帶的情況。他在奏摺中提到，經過一段時間的持續剿捕，匪徒們已經知道收斂自己的行為，不再肆意妄為。對此，皇帝回應說，對於那些違法亂紀的行為，必須堅決打擊，但是也不能無故擾民，強調既要保持地方的安寧，又要避免因為過分嚴厲而導致新的問題出現。這種既不縱容也不苛求的態度，體現了皇帝希望達到平衡治理的理念。
不久之後，汪志伊又上奏，提到了龍溪、詔安、馬港和海澄四個廳縣的情況，指出這些地區在挑選有能力的官員進行治理後，百姓不再參與械鬥，社會秩序明顯好轉。對此，皇帝高度評價，認為只要選派優秀的官員進行整治，改變長期形成的不良習慣並不難。他強調，關鍵在於選擇合適的官員，平時就應該注重選拔那些真心實意為人民服務的人才，這才是從根本上解決問題的辦法。
在這一背景下，汪志伊推薦了閩縣知縣王紹蘭，此人早已被皇帝所熟知。皇帝下達詔書，讚揚汪志伊能夠細心觀察下屬官員的表現，說明他在選人用人方面有一定的見識和能力。然而，隨後發生的一件事情卻讓汪志伊陷入了困境。他與總督玉德一起上書請求將泉州知府錢學彬調往京城任職，但是皇帝卻批評他們的奏摺語言前後矛盾。經過進一步調查，發現錢學彬在其任期內聽任家僕舞弊，貪污受賄。汪志伊因此被指責為察吏不明，按律應當被革職，但皇帝念在他以往的貢獻上，特別寬恕了他。
三、重新啟用
嘉慶八年（公元1803年），汪志伊的仕途再度回升，他先是暫時代理副都御史、刑部侍郎的職務，隨後正式被任命為江蘇巡撫。在這段時間，他面臨了一系列挑戰，首先是關於糧食運輸的問題。當時，給事中蕭芝提出了一個建議，即從產米地區直接採購大米，通過海運送往京城。這一提議被提交討論，但汪志伊認為這種方法並不可行，並向朝廷陳述了他的觀點。最終，該提議被撤銷。
到了嘉慶九年（公元1804年），清江浦發生了嚴重的淤塞問題，導致糧船無法正常通行，滯留在港口。這種情況引起了皇帝的高度關注，因為這意味著京城的糧食供應可能會受到影響。於是，皇帝下達詔書，要求汪志伊預先籌劃應對方案。汪志伊隨即請求從常平倉中碾出三千石穀物作為應急儲備，並根據新漕運的減少情況，提出適量採購糧食的建議。他主張安徽等地由於一年可以收穫兩次，可以在七月份完成漕糧的繳納，
