一、追隨太祖
鈕祜祿·額亦都與努爾哈赤的相遇，是清朝早期歷史中一個重要的轉折點。1580年，也就是明朝萬曆八年，額亦都的人生軌跡發生了根本性的轉變。這一年，努爾哈赤途經嘉木瑚寨，這是一個位於今天遼寧省撫順境內的地方，而額亦都正居住於此。努爾哈赤借宿在額亦都的姑父穆通阿家中，兩人因此有了交集。
據記載，額亦都與努爾哈赤初次見面便相談甚歡，兩人徹夜長談，彼此間的交流讓額亦都深感相見恨晚。努爾哈赤當時雖然只是一個小小的部落首領，但他胸懷大志，對未來有著宏偉的規劃。額亦都被努爾哈赤的抱負所感染，決定追隨他，即便這意味著要離開親人和熟悉的環境。面對姑姑的反對，額亦都毅然決然地說：「大丈夫生於世間，豈能碌碌而終。我一定會建功立業，不讓姑姑擔憂。」次日，額亦都便告別了姑姑，隨努爾哈赤一起離開了嘉木瑚寨。
努爾哈赤當時的處境十分艱難，家中僅有十三副盔甲，這象徵著他的實力微弱。努爾哈赤的族人龍敦等人因為害怕明朝政府，企圖通過殺死努爾哈赤來換取明朝的賞賜。因此，他們派遣了一些人，在夜間潛入努爾哈赤的住處意圖行刺。此時，額亦都的重要性凸顯出來。由於額亦都一直隨侍在努爾哈赤左右，這次暗殺行動未能得逞。額亦都不僅保護了努爾哈赤的安全，還為努爾哈赤提供了堅定的支持，使他能夠在逆境中繼續堅持下去。
二、征戰諸部
從1583年開始，額亦都在努爾哈赤麾下展現出了卓越的軍事才能。1583年，努爾哈赤起兵討伐尼堪外蘭，額亦都隨軍出征。在這一系列戰役中，額亦都表現出色，他不僅幫助努爾哈赤奪取了圖倫城、色克濟城、舒勒克布占城等重要地點，而且還憑藉自己的勇猛和智慧贏得了努爾哈赤的信任。
1587年，額亦都率軍攻打巴爾達城時，遭遇了意想不到的困難。當時，渾河水位上漲，阻礙了軍隊前進的道路。面對這種情況，額亦都展現出非凡的領導能力和勇氣，他命令士兵們用繩子系在身上，採取魚貫的方式渡河。在成功渡過渾河後，額亦都帶領著勇士們連夜發動進攻。在激烈的戰鬥中，額亦都的大腿被敵人的箭矢射穿，甚至被釘在了城牆上。儘管身受重傷，額亦都仍然揮刀砍斷箭矢，繼續奮戰，最終身中五十多處創傷，仍然堅持作戰，最終成功奪取了巴爾達城。努爾哈赤對額亦都的表現極為讚賞，授予他「巴圖魯」（勇士）的稱號。
隨後幾年裡，額亦都繼續在戰場上立下了赫赫戰功。在對薩克察的戰役中，額亦都率軍連下克尼瑪蘭城、章家城、索爾瑚寨等地。有一次，界藩城發生了盜馬事件，額亦都單騎追擊盜馬賊科什，不僅將其斬殺，還成功奪回了被盜的九匹馬。此外，他還誅殺了叛變的嘉木瑚人貝揮巴顏及其家人，維護了努爾哈赤的權威。
1593年，葉赫、烏拉、哈達等九部聯軍進犯建州，攻打黑濟格城。在這場規模龐大的戰役中，努爾哈赤親自指揮抵抗，並派遣額亦都率領一百騎兵發起挑戰。額亦都在戰鬥中斬殺了九名敵人，擊退敵軍，並生擒了葉赫貝勒布寨，趁勝奪取了諾賽寨、兆佳村。不久之後，納殷路首領搜穩塞克什再次集結兵力，占據佛多和山。額亦都與噶蓋、安費揚古聯手，攻破佛多和山，成功斬殺了搜穩塞克什。
在接下來的幾年中，額亦都繼續隨努爾哈赤征戰四方。1599年，他參與了平定哈達部的行動；1607年，他隨貝勒巴雅喇征討東海女真渥集部，奪取了席黑、俄漠和蘇魯、佛訥赫拖克索等地；1610年，他又奉命安撫渥集部的那木都魯、綏分、寧古塔、尼瑪察四路，並成功招降了康古禮等十九人，隨後奪取了雅攬路；1611年，他與何和禮、扈爾漢征伐渥集部虎爾哈路，攻克了札庫塔城；1613年，他又隨軍平定了烏達部。
三、大敗明軍
1615年，努爾哈赤正式創建了八旗制度，額亦都被編入鑲黃旗，這標誌著他在努爾哈赤政權中的地位得到了進一步的鞏固。僅僅一年後，1616年，努爾哈赤自立為汗王，建立了後金政權，並任命額亦都、費英東、何和禮、扈爾漢、安費揚古為五
