一、嶄露頭角
蔡毓榮在清朝初期是一個非常重要的歷史人物，他的仕途生涯始於順治年間，並在康熙時期達到了頂峰。在順治年間，蔡毓榮開始嶄露頭角，最初被授予佐領一職，同時兼任刑部郎中。不久之後，他又改任京畿道御史，並且兼任參領，顯示出了他在朝堂上的快速晉升。隨後，他升遷為秘書院學士，這表明他已經成為了朝中具有一定影響力的人物。
到了康熙五年（1666年），蔡毓榮被提拔為刑部侍郎，這是對他之前工作的肯定。兩年後，即康熙七年（1668年），他又進一步升遷至吏部侍郎。這樣的晉升速度，在當時並不是常見的現象，這表明蔡毓榮不僅有著出色的才能，而且得到了皇帝的信任和支持。
康熙九年（1670年），蔡毓榮被授予了四川湖廣總督的重任，並駐紮在荊州。這一時期的中國正處於恢復和發展階段，特別是經過了長期戰爭之後的四川地區，面臨著人口銳減、土地荒蕪的問題。蔡毓榮深刻理解到了這一點，因此在他上任不久後的康熙十年（1671年），他就向朝廷提出了幾項重要的建議。他提議應該廣泛招募民眾來開墾荒地，並且提出了一種激勵機制：如果能夠招募到三百戶以上的農民來開墾，那麼給予這些人的管理者一定的獎勵，同時規定開墾的土地在五年之內可以免稅。此外，他還建議在四川的一些重要軍事要地使用類似邊境地區的標準來選拔軍官。
在康熙十一年（1672年），蔡毓榮再次上書，這次他關注的是教育問題。他提出，那些被派往四川駐守的官兵們的子弟，應該獲得在當地參加科舉考試的權利，這樣既能夠解決官兵們的後顧之憂，也能夠促進當地的文化發展。這一建議得到了朝廷的認可，並被付諸實施。
到了康熙十二年（1673年），當吳三桂發動叛亂，局勢變得緊張之際，蔡毓榮再次展現了他的決斷力和領導能力。他請求裁撤遵義的總兵官職位，並改由鎮守松潘的將領負責，以提高軍事效率和靈活性。
二、三藩之亂
三藩之亂是清朝初年一個重要的歷史事件，發生在康熙十二年至康熙二十年（1673年至1681年）。這場叛亂是由平西王吳三桂領導的，旨在推翻清朝統治，恢復明朝的江山。在這場持續多年的衝突中，蔡毓榮作為清廷的重要將領，扮演了關鍵的角色。
康熙十二年（1673年）十二月，吳三桂在雲南宣布反清復明，蔡毓榮立即上書朝廷，報告了吳三桂叛變的消息，並迅速採取行動，派遣沅州總兵崔世祿率兵進入貴州，以阻止叛軍的進一步擴張。隨後，康熙帝命令提督桑額前往沅州駐守，並任命順承郡王勒爾錦為大將軍，率領八旗軍討伐吳三桂。蔡毓榮則被委以籌備軍需的任務，以確保前線作戰部隊的物資供應。
次年，即康熙十三年（1674年），清廷決定分設四川總督，蔡毓榮被任命為湖廣總督。此時，吳三桂的勢力已經擴展到了湖南境內，常德、澧州、長沙、岳州等重要城市相繼淪陷。由於蔡毓榮未能及時採取有效措施防止常德的失陷，他被部議認為應被奪官。但是康熙帝從寬處理，留任蔡毓榮，並命令他戴罪立功。在此期間，蔡毓榮積極應對叛軍，指揮綠營兵進行反擊。
隨著戰爭的持續，蔡毓榮不斷調整戰術，試圖從多方向打擊叛軍。在康熙十四年（1675年），他提出了聯合江西兵力共同圍剿叛軍的戰略，並強調在戰爭過程中要儘量減少無辜百姓的傷亡，主張通過安撫政策來爭取民心。這一建議得到了康熙帝的支持，並被下發到相關部門執行。
到了康熙十七年（1678年），蔡毓榮督造戰艦，率軍五千從岳州出發，與討逆將軍鄂納等人一起在洞庭湖擊敗吳三桂的軍隊，成功收復了岳州，並繼續推進，最終攻克了長沙、衡州等城市。同年，吳三桂病逝，其孫吳世璠繼承其位，但叛軍的士氣已經大大受損。
在接下來的幾年裡，蔡毓榮繼續指揮清軍作戰，逐步收復失地。康熙十九年（1680年），他率軍攻克辰州、沅州等地，並恢復了瀘溪、漵浦、麻陽等多個縣。到了康熙二十年（1681年），蔡毓榮跟隨大將軍彰泰進
