廢立事！」不久，竟廢太子為吳興王。陳後主知道袁憲有規諫一事，嘆曰：「袁德章確為剛正之臣。」即日詔命他為尚書僕射。
隋朝大舉南下攻打陳，隋將賀若弼縱火焚燒宮城北掖門，宮門衛士全都逃散，朝內官員很快各自離去，只有袁憲衛侍左右，陳後主對袁憲說：「我從來待卿不厚於其他人，今日見卿，才知歲寒知松柏後凋之故。」陳後主驚恐不安想避開，袁憲嚴肅地說：「隋兵入侵，必無所犯，大局已定，陛下安然處之。臣希望陛下整理好衣冠，御駕前殿，依照梁武帝見侯景舊例。」後主不同意，便下榻而去，袁憲從後堂景陽殿入，後主投入井中，袁憲邊拜邊哭而出。
建康陷落，袁憲入隋，隋文帝任命他為使持節、昌州諸軍事、開府儀同三司、昌州刺史。隋文帝詔令授官晉王府長史，去世時年七十歲，追贈大將軍，追封安城郡公，諡曰簡，其長子袁承家，在隋做官至秘書丞、國子司業。
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