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美里和赤木，帶著日本部剩下的工作人員，殘破的二號機，和被封印的明日香，離開了日本本部。
那時不完全的第三次衝擊剛剛結束，世界各個國家對seele都很不滿，對nerv更是當成了驅逐的對象。
&nbsbsbserv的成員，自然不會受歡迎。
也只有吳浩明背後的勢力，中國方面接受了他們，但是也有要求，就是他們需要在海中一個單獨的島上，並且被監視隔離起來。
這已經是最大限度的原諒了，要知道其他國家的nerv分部，幾乎都被當地的軍方當成叛國者給剿滅了。
而明日香，雖然細胞層面的侵蝕，已經消失了，但是封印卻沒有立刻解除。
畢竟精神污染的先例，很多人都見過。
那是根本無法恢復的，幾乎會在心中留下永久無法抹去的陰影。
而且對明日香來說駕駛eva，幾乎就是她能做的唯一的事了。
所以為了保護明日香，赤木並沒有立刻解除她的封印。
直到不久之前，二號機的修復工作，開始進行。
從開始到現在二號機的駕駛員，就只有兩個，明日香和真希波。
但是真希波那次，只是臨時的罷了。
而且現在八號機也在建造過程中，真希波每天都需要配合八號機進行試驗，也很累。
所以為了讓二號機能夠作為有生力量繼續戰鬥，赤木喚醒了明日香。
剛剛醒來的時候，明日香整日處於腦中殘留幻想的恐懼中。
那是使徒留在心中的陰影，怎麼可能那麼快消失。
吳浩明不斷的開導，才使明日香漸漸恢復了過來。
如果自己沒有那麼輕易的把她留在nerv本部，或許她也就不會接觸到莉莉絲了嗎！
看著明日香因為興奮，而略帶潮紅的小臉，吳浩明又不覺有些自責。
他駕駛k44號機體，去和六號機戰鬥之前，是把忘記了一切的明日香，留在了nerv日本部的。
卻沒想到莉莉絲感覺到初號機覺醒，而醒來的時候，將明日香吞入了體內。
幸好時間不長，及時的救了出來。
雖然和原著中不同，可是卻同樣受到了精神污染，結果相似。
所以為了隔離，也為了不進一步的對明日香造成傷害，她暫時被封印了。
第一個，被使徒污染後，能夠活下來的人，明日香也是第一個能恢復的這麼好，而且細胞層面的侵蝕，在離開莉莉絲體內消失了的。
莉莉絲，企圖在初號機覺醒力量的呼喚下離開地下都市，但是卻沒想到最後被六號機以自身為力量而封印了。
估計她是再不可能復活的了吧！
在原本的劇情中，身上的兩把槍被拔出來後，莉莉絲便消失了。
估計六號機在封印她的時候，就對她造成了足夠的傷害，所以才會那樣的吧！
「吳，在想什麼！」屋內的三人都注意到了發呆的吳浩明。
「哦！沒什麼，我在想我們來到這裡，也有一年的時間了，這麼久我們利用原本nerv的技術，對機體的建造技術，已經很熟悉了，而且跟我們一起從本部內出來的人，經過排查，已經沒有間諜了，所以我想……！」
吳浩明的目光掠過三人，最後落在了葛城美里身上：「我想我們是不是該有點動作了！」「你是指對nerv的餘黨發動攻擊嗎！」第三次衝擊未成後，seele便隱入了幕後，碇源堂和冬月也失蹤了。
不過seele卻更隱秘的開始了行動，以像是鼴鼠般的方式，藏在了地下，不時的出現，取走自己所需的東西。
「不，我是想我們該有個正式的名字了！」
吳浩明拿起空杯子，給自己倒了一杯水，在三人有些不耐煩的目光中喝完後，才緩緩說道：「ille！」
「決心，堅定的意願！」
明日香立刻明白了吳浩明的意思：「你是想用這個名字時刻激勵我們，該記住自己的職責嗎！」
「恩！回收，消滅eva
