雖然有朱由檢的亂入，但朱由檢還是篤定歷史上的寧遠兵變仍然不可避免。
據史料記載，二十五日，寧遠發生兵變，譁變首先是由從四川、湖廣調來的部隊發起的，以楊正朝、張思順等為首。
他們先秘密串聯，再集中到廣武營，會盟歃血，率先兵變。接著，事態不斷擴大，影響迅速蔓延，其餘十三營起而響應。譁變的官兵湧入巡撫衙門，將遼東巡撫畢自肅、總兵官朱梅、通判張世榮、推官蘇涵淳等人，從衙門拉出來，加以捆綁，囚於譙樓。
而歷史上的寧遠兵變又是怎麼平息的呢？沒錯，是袁崇煥一人平息的，其過程簡直可以拍成一部個人英雄主義電影。
第一步，袁崇煥單騎出關。袁崇煥八月初六日到達山海關，次日就馬不停蹄單騎出關，不帶隨從，馳往寧遠。這充分表現出袁督師的果斷、幹練、勇敢與俠氣。
第二步，迅馳入營。袁崇煥到寧遠後，沒有到巡撫衙門，沒有會見同僚，沒有會見朋友，也沒有了解兵變情況，而是「至寧遠未入署，即馳入營」。就是驅騎急進，直入兵營，要取得迅雷不及掩耳的效果。
第三步，攻心為上。「宣上德意，各兵始還營伍」。袁崇煥迅速趕到兵營後，利用原來的威望與情感，安撫士兵，宣撫慰勞，使得騷動官兵各回營伍。
第四步，密定計劃。「崇煥與道臣郭廣秘圖」，就是袁崇煥與掌握實際情況的郭廣等秘密商量，制定計謀，採取措施。
第五步，寬宥事首。袁崇煥「召首惡楊正朝、張思順至膝前，諭以同黨能縛戎首即宥前罪之旨，令報諸逆者名，擒之贖死。二凶唯唯。」寬宥事首張正朝、張思順，先瓦解譁變官兵上層內部。
第六步，剪除「次惡」。將「次惡」田汝棟等十五人捉獲，「崇煥令郭廣當堂認識，俱當日向前首惡，即令梟示」，將他們戮於市，進行震懾。
第七步，擒叛立功。楊正朝、張思順兩位譁變的首領，因為「擒叛有功」，經奏報朝廷，將他們「發前鋒立功」。
第八步，分別處理。中軍吳國琦斬首；參將彭簪古受斥責；都司左良玉等四人被黜免；通判張世榮、推官蘇涵淳因貪虐引起譁變，受到降職斥責；總兵官朱梅解職。
第九步，獎勵祖營。都司祖大樂所率一營官兵，沒有參加譁變，受到獎勵。
第十步，奏報朝廷。袁崇煥向朝廷詳奏寧遠兵變經過、原因、處理及善後事宜，並得到崇禎皇帝的批准。
這十步走下來，袁崇煥乾淨利索、迅速漂亮地平息了這場寧遠兵變，穩定了遼東軍局勢。
而袁崇煥也是通過這一次神操作，充分獲得遼東軍上上下下的信賴，幾乎使得遼東軍成為袁家軍。
但是，袁崇煥這些神操作，大概率是和遼西將門集團聯手主導的自導自演事件，畢竟從結果來看，寧遠兵變後，袁崇煥徹底掌握遼東軍，以祖家為首的遼西將門集團，亦從朝廷獲得大量的好處，朝廷供給的遼餉，從每年五百萬飆升至八九百萬，乃至上千萬。
而代價便是整個大明都在為日益高漲的遼餉買單，朝廷財政徹底崩潰，百姓越發民不聊生，再加上西北乾旱連年，最終把偌大的大明王朝生生拖垮。
聽到朱由檢言之鑿鑿，聲稱遼東將發生兵變事件，張朝忠不由急道：「陛下，關寧防線關乎京畿安危，倘若生變，建奴再趁機南下，那大明則將陷入危如累卵的境地！」
朱由檢擺擺手，淡淡的道：「你也無須太過擔憂，雖然近段時間以來大明各地烽火連天，但西南的奢安之亂已被四川巡撫朱燮元、石柱總兵秦良玉、四川總兵杜文煥、貴州巡撫王三善等人平定，不日石柱總兵秦良玉將率領一萬白杆兵前來拱衛京師。
西北方面，流賊之亂和秦王之亂亦被洪承疇、盧象升、孫傳庭、楊嗣昌等人平定，不日盧象升、孫傳庭、楊嗣昌將率領兩萬秦軍前來拱衛京師，曹變蛟和茅元儀亦將率領五千勇衛營和一萬新軍回師京城。
再加上朕帶去大同的六萬御林
第三四零章 遼西將門，兵變前奏
