就在嗣興被迫選擇降清的同時，定國舊部張琦、張義泰、尹士鑣、張發祥等亦暗中串聯，圍攻昆明，旋即遭吳三桂率軍鎮壓。
不久後，熠峨王揚祖、王朔、新興王耀祖及迤東諸土司祿昌賢、龍飛揚等又聚眾十一萬，打著大明晉王的旗號起兵反清，義軍接連攻克臨安、蒙自、彌勒、石屏、平彝等十餘處州縣，聲勢大振。奈何在清軍的大舉反撲下，最終很快敗亡。
至於那些不願隨嗣興降清的明軍舊部，大多選擇回鄉務農，或是改名換姓，歸隱山野湖畔。諸如副總兵王應舉，不願在清廷為官，遂返回合肥老家，逍遙於山水之間，渡此餘生。而跛腿總兵鄧凱也拒絕了吳三桂欲將其編入滿洲鑲黃旗下的提議，削髮為僧，與青燈古佛為伴，日日誦讀經文，為永曆帝及那些客死他鄉的文武諸臣超度亡靈。
另有數千滯留於緬甸境內的明軍將士不願降清，於是在阿瓦河東百餘里聚集而居，與當地百姓一起墾荒開礦，漸漸形成了一個部落，人稱「桂家」。他們將居住之地喚作「望鄉台」，歲時憑眺，瞻望中國。
而在定國去世的勐臘，當地各族百姓更是將定國奉若神明，過其墓者皆頂禮膜拜，並於勐臘後山修建一座「漢王廟」，逢歲致祭，禮極隆重。
這時候，儘管台灣的鄭經和夔東一帶的十三家義師依舊尊奉永曆年號，堅持抗清，然而其影響力已經微乎其微了。
臥榻之側豈容他人酣睡，在徹底平定雲南一帶的抗清起義後，清廷很快便調集大軍對夔東十三家展開了大規模的圍剿，經過數月苦戰，至永曆十六年十二月，劉體純兵敗自縊，郝永忠、袁宗弟亦被俘殺，夔東十三家元氣大傷，僅剩定國的義兄李來亨仍在興縣苦苦支撐。
兩年後，清廷再度徵調十萬滿漢大軍將李來亨團團包圍於興縣境內的茅麓山上。
在苦撐大半年後，八月初五日，山寨終於被清軍攻破。眼見大勢已去，李來亨遂放火燒毀屋舍，旋即舉家投火自焚而死。
同年九月初七日，大明王朝最後一名孤臣張煌言於杭州弼教坊被清廷公開殺害。臨刑前，張煌言大義凜然，面無懼色，抬頭遙望著不遠處的吳山，慨然嘆息道：「大好江山，可惜淪於腥膻！」
他拒絕下跪，坐而受戮，時年四十五歲。是日，驟雨晝晦，杭人知不知，皆慟哭。
至此，明亡，天下亡。
