在朱慈烺的強力支持之下，臨清城的官方民間力量都開始被統合。
隨後，一個個帶著後後絲巾面罩，穿著厚厚棉布隔離服的護兵們迅速出動，將所有可能感染之人全部隔離。
這個時候，陳維道處心積慮只打算感染皇家近衛軍團的心思反而起了反作用。
在皇家近衛軍團嚴苛的軍律面前，無人會反抗，隔離進行得異常順利。
只可惜，前期的蔓延總歸是傳了出去。城中開始時不時出現瘟疫傳染。
就當傳染的恐懼蔓延全城的時候，朱慈烺卻不避艱險，堅持要親眼看病例。
當朱慈烺發現患者基本上都是發熱、嚴重毒血症症狀、淋巴結腫大、肺炎、出血傾向後，便心中有了準備。
朱慈烺立刻就想到了同時代不遠的歐洲爆發的黑死病，也就是鼠疫。
而這個時候，明朝的瘟疫專家吳又可的表現便格外亮眼了。
吳又可本名吳有性，朱慈烺待之格外有禮，一直稱呼吳又可。吳有性對付瘟疫極有經驗，光是經他收集編撰成書的就有發頤、大頭瘟、蝦膜瘟、瓜瓤瘟、疙瘩瘟，以及瘧疾、痢疾等急性傳染病，他明確指出這些病都不是六淫之邪所致，而是四時不正之氣所為。
換句話說，吳又可是認為瘟疫一定程度上是通過空氣傳播的。朱慈烺聽了，又補充了一下，說這可能是患者口中飛沫傳播，也就是呼吸道感染經呼吸道飛沫傳播。通過呼吸、談話、咳嗽等。借飛沫形成的方式傳播。這也就是護兵被感染後，蔓延到全軍與全城的結果。
吳又可先是不服。但仔細思慮卻不由驚嘆。為此，朱慈烺又連珠炮一般將其餘三種傳染路徑都道了出來。首要就是鼠蚤叮咬。經鼠蚤傳播。事實上鼠蚤叮咬就是最主要的傳染路徑，首先出現於齧齒動物，其次到蚤上，最終傳染到人。當朱慈烺這般說的時候，吳又可已經不再倉促反駁了，而是敬候朱慈烺繼續論述。
此外，朱慈烺又提出了會通過皮膚感染經皮膚傳播，比如剝食患病齧齒動物的皮、肉或直接接觸患者的膿血或痰，經皮膚傷口而感染。說到這裡。吳又可已經相信了三分。他親身經歷，見過許多患者家書收葬親屬時因此感染。
到了這裡，當朱慈烺提出吃未熟鼠肉之類東西感染的時候，吳又可已經不得不跟著相信。
心中一陣震盪過後，作為一名醫生的本分，吳又可又緊跟著激動了起來：「瘟疫可平矣！」
治理瘟疫，便如同行軍打仗一樣，知己知彼百戰不殆。
明白了傳染路徑，事情做起了便方便了許多。
首先便是撲殺老鼠。全城大清潔，全城大洗澡。
對此，朱慈烺更是開出了一根老鼠尾巴一百文錢的賞格。又利用臨清是整個北方棉紡市場的優勢，購買了數萬套新衣。只需要一戶清洗乾淨。便以半價方式售出去。
一時間，全城百姓全都沸騰了起來。
殺老鼠的殺老鼠，洗澡捉跳蚤的捉跳蚤。在瘟疫的死亡威脅與新衣和百文銅錢的誘惑下。紛紛被朱慈烺一紙命令攪動起來。
為此，就連不畏瘟疫危險。執意要來臨清看望朱慈烺的趙詩瑤都激動起來。趁著這麼一個時機，恆信商行的錢莊業務突然火熱起來。因為。半價購買都是用的恆信銀票，面值百文、一兩的不記名銀票竟是還出現了規模不小的溢價。惹得趙詩瑤剛剛與朱慈烺你儂我儂沒幾天便立刻投入到了商業上。
至於幾個跟著過來的恆信關聯商家也是意外地發了一筆大財。
有個姓王的商戶從河南運了十六搜大船的煤，本以為天冷可以進京大發一筆。結果遇上戰事，在臨清耽擱了。得知要吃熟食，燒開水消毒以後，全城燃料需求大增，頓時就讓這王商人大發一筆。
至於那些生產口罩衣帽的，更是紛紛歡喜地接了大單。
隨後，吳又可又鑽研出了達原飲、三消飲等方劑，示人以疏利分消之法，試圖控制疫情。
終於，當填埋場裡面迎來第八萬根老鼠尾巴後，瘟疫的擴散下降了起來。當時間滑落到十六年三月的時候，臨清城已經有十日沒有出現新的瘟疫了。儘管，代價是城中死亡人數已經攀升到了兩千六百四十九人。
對於這個數字，吳又可與楊文岳都
