影院裡，影迷們都被傻強萌壞了。
無間道前兩部里，傻強都是人氣配角，但影迷還是沒想到，一開始就讓他當作一個故事引子出場了，
「我只有你一個手下」，計較這種事情，就像是在腦門兒上寫著「我還是傻強」一般提醒觀眾不要忘了他一直以來的可愛。
伴隨著傻強的慘叫和緩緩降落的電梯，無間道第三部的內容，就此拉開帷幕。
若不是《無間道》忠實粉絲，詳細知道前面故事的人物劇情，那《無間道3》會把人看懵逼，比如那些聽說《無間道》系列很好看很好看，見到《無間道3》上映了直接就進電影院買了張電影票的影迷。
許多影迷即便是之前看了前兩部的，現在看第三部，要一遍就搞懂也不容易，故事在時間上，就成了兩部分，一部分發生在《無間道1》的故事之前，一部分發生在陳永仁死後十一個月的三天內。
第三部里又出現了新的人物，楊錦榮這個角色的登場，在前面讓人根本分辨不出他的正邪，開頭就以一個嫁禍人的冷麵形象出現，同時還有大陸來的神秘人物沈澄，明面上是個軍火商，但總讓人摸不透。
故事的第一條時間線，是2002年6月14日韓琛、沈澄、楊錦榮、陳永仁等人為主的交易的事情。這條線從2002年5月陳永仁幫傻強砸店開始，隨後6月14日「沈澄」來內地談生意，期間發生陳永仁打沈亮等事情，沈澄、陳永仁、楊錦榮第一次碰面，然後8月16日陳永仁開始了三個多月的心理治療期間與李心兒產生愛情；然後是傻強和陳永仁一起到碼頭談生意；接著是韓琛與楊錦榮交換情報；這段故事最後就是韓琛讓陳永仁送死，陳永仁、沈澄與楊錦榮互相知道身份，一直持續到陳永仁死前七天在音箱店遇到劉建明。
另一條線是2003年11月時劉建明與楊錦榮的互查，從陳永仁死後十天開始。當時的楊錦榮從北京歸來，收到了內鬼寄來的錄音帶，於是知道警察內部仍有內鬼。
同時劉建明初見楊錦榮時就遇到了同樣是韓琛派到警察局的內鬼陳俊自殺，知道還沒安全，而且感覺到楊錦榮開始懷疑自己了。等劉建明調回內務部後，發現楊錦榮和韓琛有說不清楚的聯繫，並且和韓琛以前的生意夥伴內地來的軍火商沈澄也有莫名的關係。
此時劉建明想的是，要麼楊錦榮就是為了找韓琛的臥底，要麼也和自己一樣也是韓琛的內鬼，無論怎麼說，楊錦榮是劉建明最好的目標，因為楊錦榮看起來本身也不乾淨，所以只要找到證據咬死楊錦榮是內鬼，那麼自己就安全了，於是開始著手調查楊錦榮。
故事已經夠複雜的了，中間還插入劉建明精神逐漸崩潰，人格分裂，時不時的就秀一下劉建明把自己當成陳永仁的橋段，讓人看得一臉懵逼。
「什麼鬼？」
「你看明白了嗎？」
「楊錦榮到底是好人還是壞人？」
「沈澄到底什麼身份啊？」
「臥槽，我腦子不夠用了。」
影院裡，粉絲們被燒腦懸疑和看似雜亂無章的穿插倒敘虐了個慘，也差不多精神分裂了，「十萬個為什麼」從開始一直看到結束，暈乎乎。
等到看到劉建明在被李心兒催眠之後說出真話，然後開槍打死楊錦榮並自殺後，故事輪廓才清晰了起來。
楊錦榮、沈澄與陳永仁在那次軍火交易中都知道了彼此身份，沈澄是內地警方派來的，而楊錦榮更有意思，他是當年警察學堂的第二名，當年陳永仁被開除，還是他開的門，由於陳永仁走後，他第二變成了第一，所以對陳永仁印象深刻。另外，順手把第一部里陳永仁手上的石膏梗都交代了，可以說已經在最大程度補坑，補第一部里的任何一個小細節。
在陳永仁殉職後，楊錦榮和沈澄決定把陳永仁沒能做完的事情做完，查內鬼，兩人一明一暗，目標就是他們都懷疑的劉建明，搞清楚這點後，就不會覺得太混亂了。
一遍就看懂的人很少的，細節太多並且將時間打碎的手段，使得整部影片非常緊湊，忽略一個細節可能你就全場都是懵逼狀態。
電影拍的錯綜複雜，但是看懂後，其實也是一句話就可以總結了：你知不知道你在做什麼
