雖然京師與洛陽之間奏摺、御批往來不絕，擬定「大明軍」這個名號至少花了七八天時間，但實際上軍隊的組建工作從洛陽收復的第二天起就開始了。朱由檢對官員們不過是虛與委蛇，他早就下定決心，不管大臣們同意與否，這項至關重要的改革一定要進行。
當然，改革可不是上嘴唇一碰下嘴唇那麼簡單，對軍戶制的改革，可比招募本來就是農戶的秦兵複雜多了。因為軍戶制不光是提供士兵，同時還是一整套完整的制度，其核心內容就是為軍戶專門劃出軍田，軍戶不納田賦，同時也要自給自足。所以改革軍戶制，必須對「人」和「地」兩個方面同時改革，否則就無法進行。
所謂人無頭不走，鳥無頭不飛，既然要組建新軍，自然要先任命主將。各項具體改革措施，也要靠他們具體去做，否則朱由檢就算累死，也無法完成對全國衛所軍隊的改革。當然，朱由檢現在身在洛陽，可以手把手地教他們，也算是第一個改革試點。在這裡改革成功以後，就可以把經驗逐步推廣到全國，朱由檢也就可以放手讓下面的人去幹了。
各衛所原有的將官當然不能用，朱由檢只能從京營的將領中提拔。但是現在戰事正緊，諸將都寧願帶著自己的部隊去殺敵立功，而不願意來洛陽接手一支素質很差的部隊。如果抽調將領過多，朱由檢又擔心被叛軍拖入持久戰，真是左右為難。
經過慎重考慮，朱由檢決定以李定國部短暫休整後，經虎牢關、潼關入陝，與楊嗣昌、孫傳庭合兵一處，去對付他的「老朋友」高迎祥。而正面戰場主要交給盧象升和孟拱，讓他們發揮火器的絕對優勢，給戰鬥力最強的洪承疇部以持續沉重打擊。
至於東線，則交給郝永忠的騎兵部隊。因為他本就是流賊出身，對李自成、張獻忠等人的用兵習慣了如指掌。待曹文詔的關寧鐵騎穩住南京形勢後，郝曹二將即可發揮騎兵機動靈活的優勢，對流賊中較弱的部隊進行短促的突擊。等中路的洪承疇崩潰以後，東西兩路叛軍首尾不能相顧，便可尋機發動決戰了。
這樣一來，只有李來亨的部隊暫時沒有任務，可以作為總預備隊使用。所以朱由檢也只能從他手下抽調將領，經李來亨、李定國等人的推薦和通盤考慮，朱由檢決定組建大明軍第一師，任命緱明顯為師長，李守義為指揮使。
當然這只是內部的稱呼，二人的官品仍按舊制，緱明顯晉為正二品副總兵官，李守義晉為正二品都指揮使。緱明顯主管軍事，因為身受重傷，現正在洛陽調養，暫時不用帶兵，主要的工作都交給李守義去做。
包括李定國等將領在內，誰也不理解朱由檢為什麼要給一支部隊安排兩位主將。尤其緱明顯和李守義這兩人都是獨當一面的將才，現在兩個人才帶一支新軍，似乎稍有浪費之嫌。
只有朱由檢自己心裡清楚，他是在借鑑前世我軍的「政委」制度。古往今來，任何一位統治者都知道用軍隊維護自己的統治，然而恰恰是軍隊最容易發生叛亂，好像這些君主是在自掘墳墓一般。究其根本原因，就是這些君主只知道用金錢和利益來籠絡將領和軍隊。而眼裡只有利益的軍隊是沒有靈魂的，只要有人出價更高，或是領軍將領意圖謀反自立，這支軍隊就必然會毫不留情地叛亂，讓君主之前所有的投資都打了水漂。從古至今，這樣的例子數不勝數。
而政委制度則是我軍借鑑了蘇聯紅軍，並結合自身特點創立的，其最突出的特點就是確立了黨對軍隊的絕對領導權。現在朱由檢又把這項制度「穿越」過來，同樣希望能把大明軍打造成一支有靈魂的部隊，讓每一個普通士卒知道是為自己、為家庭、為民族、為國家而戰，而不是為了糧餉和功勞而戰。
這樣的軍隊永遠不會背叛民族、背叛國家，即使個別將領出了問題，也會遭到官兵的一致抵制，無法調動軍隊為禍。之前組建秦兵時，這個問題還不算急迫；現在要進行全制改革了，朱由檢當然要把這項他認為至關重要的內容加進去。不光是新軍，就算是秦兵的老部隊，以後同樣要增加「政委」這個角色，只不過要換成「指揮使」這個易於理解的名字罷了。
朱由檢對師長和指揮使的分工做了明確規定。師長為軍事上的主官，作戰時擁有指揮權，平時負責訓練、後勤、行政管理；指揮使為政治上的主官，平時負責思想工作，作戰時輔助
