彈藥庫的爆炸讓日本人再也沒有了抵抗的能力，距離彈藥庫不遠的水兵基地也深受其害，一般的建築物被爆炸的衝擊波摧毀，裡面的日本水兵其實不多，因為大家都出去打仗了，但留下來的不是被震死就是被震聾了。
隨後，巡洋艦開始對日本橫須賀市前來救援的消防隊以及市民進行炮擊，並將炮火延伸到橫須賀市內。
日本建築物大多數都是木質建築物，幾發炮彈飄到橫須賀市內之後，引發了大火，橫須賀市隨即也燃燒了起來。
沖天的火焰讓許多日本人慌張地逃竄，橫須賀市區內亂成一團。
「中國人殺過來了！」
「天啊，中國人殺來了！」
「中國人要報日清戰爭的仇了！」
「殺光中國人！」
街面上的日本人歇斯底里地叫喊起來，還有人趁機搶掠，有人趁機****，有逃犯伺機從監獄裡逃走。頑強的日本海軍士兵居然站在岸邊用步槍向中國海軍聯合艦隊射擊，那子彈紛紛落在水中，的確是非常好笑。中國士兵沒有浪費他們的好意，隨後向日本岸邊抵抗的水兵射擊，打死打傷數百人。
位於橫須賀市區內的日本海軍兵學院的學員們反應最為激烈，他們不知道聽誰說中國間諜在橫須賀四處放火少殺搶掠，於是他們組成糾察隊，進入橫須賀內對中國僑民進行報復性屠殺。最先倒霉的就是那些在日本依舊堅持不剪辮子的中國僑民，很快這些人就被日本青年人給殺害了。但是殺人似乎是一件讓人瘋狂的事情，人們害怕地用繼續屠殺來掩蓋自己的害怕。
然而最倒霉的卻是在日朝鮮人，畢竟在日本的中國人少，而朝鮮人多，再加上日本人本來就歧視朝鮮人，當排外浪潮起來的時候，這股狂熱且嗜血的衝動，讓朝鮮人遭了秧。於是街道上，居民區里，甚至於家中，只要有朝鮮人的地方就會有仇殺。平日朝鮮人表現的也讓日本人討厭，朝鮮這個民族性格張揚，表現力強，和中國人一樣平時喜歡大聲說話，但是他們脾氣不好，欺軟怕硬，這一點讓日本人更加討厭。
於是平日裡的一些積怨此時爆發了，隨後大批日本民眾開始加入到了海軍兵學生的報復行動中，大約200多朝鮮人在這場騷亂中被打死，約1000朝鮮人被打傷或者****，而這場針對中國人的暴亂，死亡的中國人數居然僅僅為3人，還是3個死不剪掉辮子的傢伙，包括一個滿族人兩個北方漢族人。
橫須賀兵工廠是被攻擊最慘的地方，中國海軍聯合艦隊其實並不知道這裡有著四艘戰列艦（包括兩艘戰列巡洋艦）正在建造，他們的目的僅僅是為了將初瀨號戰列艦擊毀。但是初瀨號因為大修，已經移走了幾乎所有可燃物。但這起到了反作用，因為中*艦見到初瀨號戰列艦深受炮擊卻不起火，誤以為它的裝甲能力非常強大，所以幾乎將所有炮彈都傾瀉到橫須賀兵工廠內。
初瀨號戰列艦沒有起火，反而是安乙號戰列艦燃起了大火，日本的救援隊員趕緊救火，但隨即安乙號戰列艦的彈藥艙被擊中，尚未完工的安乙號戰列艦主甲板位置輕易被擊穿了，引起了彈藥艙的爆炸。安乙號戰列艦的彈藥艙放置著為數不多的炮彈和練習彈，儘管爆炸威力不大，可是整個彈藥艙以及甲板卻成為了一片廢墟，還沒有來得及下水的安乙號戰列艦龍骨被毀，成為一艘廢船。
最為讓人感覺到可惜的是薩摩號戰列艦，其實它不是被中國海軍擊毀，而是日本海軍擔心它被中國人俘虜走，自己把它炸沉了……
另外兩艘筑波號和生駒號戰列巡洋艦的下場就很簡單了，剛剛建設好龍骨的他們，被幾發炮彈便擊毀了。
橫須賀軍港被毀，水兵水手死傷無數，市民的傷亡情況更是慘重，根據事後日本官方統計，這次襲擊橫須賀，日本總計死傷高達5萬餘人，不少人是因為城市的大火而燒傷燒死，直接死亡的水兵有4千餘人，最慘的就是軍火庫的一個聯隊海軍陸戰隊警衛隊，全部被爆炸的彈藥炸死了。
攻擊完畢橫須賀軍港之後，已經是1905年3月8日的凌晨了，中國海軍聯合艦隊也是人困馬乏，炮彈所剩無幾。劉冠雄提出返航，不過參謀長李准提醒說曹躍曹中堂希望我們炮擊東京。
劉冠雄說道：「東京和橫須賀軍港不一樣，橫須賀因為是日本海軍大本營，
