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經歷了撲克牌銷售後，郁良覺醒了銷售之魂，最終成為銷售部部長。
鬥地主成功提高了這個世界的幸福度，使得來自起源之海的食物大幅增多，刀霸因此信服，將非訓練家聯盟交給可達鴨，並建立精靈之城。
隨著娛樂流深入人心，神奇寶貝聯盟的傳統受到影響，神奇寶貝對戰不再成為主流，無奈之下，承認了精靈之城的存在。
由於食物充足，樹果餅和牛奶的價值不復存在，最終一部分解散，剩下的同樣併入精靈之城。
可達鴨意外發現一種晶石，能夠被他吸收並轉化為超能力水滴，同時，各地出現了史前遺蹟，同樣有著水晶存在。
雪拉比說這是本源之力凝聚形成的水晶。
之後遺蹟崩塌，出現了大量以晶石為動力的災獸，他並非神奇寶貝而是機械體，精靈之城團結訓練家，將目標轉向機械災獸。
被忽視的火箭隊因此獲得了發展時間，最終用夢幻基因培養出超級超夢，可達鴨迎戰，不敵，最後進化為索羅亞克（之後解釋），獲得勝利。
坂木臨死一搏，抓住了小智等人，並讓他們黑化，機器災獸猛然增多，雪拉比說世界再次將迎來終結。
最終精靈之城擊潰了機械災獸，但創世神阿爾宙斯仍舊甦醒，帶著17塊石板（包括普通系，不包括妖精系，超能石板一角破碎）毀滅世界，可達鴨進化的索羅亞克不敵，千鈞一髮的時候，胖丁出現，用催眠曲使得阿爾宙斯再度沉睡，世界恢復安定。
可達鴨在娜姿的幫助下，終於學會用超能力形成防護膜，可以隔絕水流不隔絕空氣，可達鴨藉助這個，在神獸的指引下，進入起源之海海底，見到了這個世界的實際管理者。
這只是與管理者通訊的設備，管理者向他道出真相。
原本這個世界只有神奇寶貝，為了讓這個世界更加多彩，管理者加入了人類，並希望他們自己和神奇寶貝發展，走出自己的文明。
但結果和他預想的不同，人類發展緩慢，同時會和神奇寶貝原有的系統產生摩擦。
原有系統是阿爾宙斯創造世界，神獸管理世界的體系，阿爾宙斯只會創造世界，沒有調節世界的能力，在人類和神奇寶貝的衝突發生，無比嚴重之後，他便會自動甦醒，刷新當前的世界。而讓阿爾宙斯穩定的機制，便是胖丁的催眠曲。
原有系統逐漸老化，超能石板出現碎片。
管理者見到這個世界的問題，於是給予人類食物和技術，讓他們勉強生存，卻沒能改變本質。同時限制阿爾宙斯的刷新機制，不斷選定一些人作為基準，使得這個世界讓這些人靠攏，改變，這就是航標。
不知經歷了多少次文明毀滅，管理者才選定了小智等人作為航標，主張人類和神奇寶貝和諧相處，可達鴨接近小霞，也成為了其中一員，因此，在可達鴨被火箭隊帶走時，走會被莫名的裡面帶回去；他想完成什麼創舉時，也會被莫名阻礙。
張浩的穿越不在管理者的計劃內，純屬意外。
下面詳細說明。
精靈之城三大特色：種植園、影視城、主題公園。
種植園只要是玉米，將綠色外皮扯下一段，露出黃橙橙的玉米，一萬株植株同時成熟，這個場景還是很壯觀的，這也是精靈之城的標誌性景象。
還有各種植物，只是不宜大部分種植。
影視城：
超能力表演
超能神奇寶貝的表演，全部在幕後進行，只是將影像投射在前面，有一種神秘感。
相聲表演和
主要有火箭隊三人組完成，喵喵占據相聲的主動，武藏身上纏著阿柏怪和飯匙蛇。
神奇寶貝電影
真正表現神奇寶貝魅力的電影，全程由神奇寶貝主演，人類襯托，帶有字幕。附加產物，爆米花。
主題公園
有著各種各樣娛樂設施的公園（包括鬥地主、炸金花），可以讓人和神奇寶貝一起玩耍，在每個路口，都有娜姿訓練班出產的超能神奇寶貝翻譯神奇寶貝的心情，讓人和神奇寶貝互相理解。
有神奇寶貝飼育
