己名正言順地成為北府軍統率，可是從任職能看出，朝庭對自己並不信任。
對於朝庭命他率北府軍前往新亭抵禦荊州軍的旨意，劉牢之以整頓北府軍為名拖延，他有心遠離朝庭與荊州軍的爭鬥。
九月十七日，司馬元顯率王珣、謝琰等人回歸建康城，城中稍安。
東堂庭議，司馬元顯力勸司馬道子誅殺王恭，以免王恭一黨成為荊州軍的內應。
荊州軍兵臨石頭城，司馬道子早已嚇得六神無主，聽從司馬元顯的諫言，下令斬殺王恭及其家人、黨羽。
倪塘，建康城南方山之北，搭起棚席，許多峨冠大袖的士人前來送王恭最後一程。
京中世家紛紛派人前來，琅琊王家王凝之，陳郡謝家謝琰之子謝混，庾、桓、溫、郗等世家都派人前來。謝混已經迎娶晉陵公主，官居駙馬都尉。
王恭頭戴三梁冠，身披鶴氅，神色如常地與眾人見禮，有如在林間悠遊。
王凝之心中傷感，讓侍從奉上美酒，舉杯道：「孝伯，念此死生變化非常理，中心惻愴不能言，請飲送別酒。」
王恭舉杯飲盡，理了理被風吹亂的鬍鬚，嘆道：「吾本心對朝庭忠心耿耿，願百年之後還有後人知吾。」
將酒杯放回托盤，王恭看了看一同赴死的五個兒子，還有兄弟王爽及其子王和，故吏孟璞、張恪等人，嘆道：「吾識人不明，輕信劉牢之，落得如此地步，夫復何言。」
說罷，盤膝坐席，閉目口誦佛經。一卷經文念罷，刀光閃過，人頭落地。
觀刑的眾人燒罷紙錢，紛紛登上牛車回返，王恭之死讓太原王恭一脈幾為覆滅，難免讓人感覺兔死狐悲，世家眾人都為之惋惜的同時暗自心驚，司馬道子父子斬殺大臣株連親眷，非仁恕之道也。
…………
石頭城，桓玄和楊佺期聽聞王恭被殺，株連兄弟子侄黨羽，擺出勢不兩立的態勢，讓兩人暗自心驚。
商議之後，桓玄和楊佺期上表為王恭鳴冤，請誅劉牢之，這是荊州軍對朝庭的最後試探。
司馬道子便是再傻也知道不能做此親者痛、仇者快的助敵之事，急令劉牢之率師來援。
九月十八日，劉牢之收到朝庭的急報，得知桓玄和楊佺期上表誅殺自己，再也顧不上拖延時間了、
萬一會稽王改了主意，像誅殺自己讓荊州軍退軍，那自己可要追隨王恭前去地府了，朝庭不是做不出這樣的事，王國寶的墳頭草還不算高。
兩天時間急行二百餘里，劉牢之率軍抵達新亭，司馬元顯親臨石頭城坐鎮，謝琰在宣陽門外率重兵防守，建康的局勢穩定下來。
新亭緊靠長江，位於建康西南，在石頭城南十餘里處，將建康守軍將桓玄和楊佺期的荊州軍合圍在其中。
得知劉牢之到來，桓玄和楊佺期大驚失色，完全出乎意料，兩人還在希望朝庭能誅殺劉牢之呢。
劉牢之是北府名將，威名赫赫，便連楊佺期自問也不能及，驚恐之下兩人決定退軍南下，駐紮於蔡洲。
蔡洲位於長江之中，周長五十餘里，洲上有山，綠樹成蔭，草木蔥蘢，鳥類繁多。唐時改蔡洲為白鷺洲，「三山半落青天外，二水中分白鷺洲」便指此處。
新亭與蔡洲隔水相望，兩邊的旗幟上的晉字都能看得清楚，桓玄和楊佺期都為劉牢之的威名所懾，看到新亭北府軍軍容威嚴，不敢主動進攻。
劉牢之其實暗捏把冷汗，他剛從王恭手中得到北府軍，軍心不定，而且兩日急行二百餘里趕至新亭，已是強弩之末，此時荊州軍若發動進攻，北府軍必敗無疑。
殷仲堪已經得到庾楷後敗、王恭身死的消息，船隊行至蕪湖便不再前行，與朝庭軍兵僵持起來。
三個方鎮起義軍只剩下自己，殷仲堪心中忐忑，討逆軍如今成了叛逆，不知該如何收場。
朝庭知道荊州有三萬兵馬，戰船近千艘，還有楊佺期、桓玄這樣的勇將，北府軍又尚未歸心，亦不敢輕啟戰事。
趁朝庭兵馬不敢分散，殷仲堪派出數隻小隊，襲攏四周，給朝庭不斷施壓，希望朝庭給個台階，體面地迴轉荊州。
可是朝庭眾臣沒有體會到殷仲
