天啟皇帝朱由校隨即批令各部：「如議，著實遵守，如或仍前怠玩，視為虛者，聽言官指名參劾。」
對丁紹軾的疏奏，首輔顧秉謙認為是挾皇帝令諸臣，頗為不悅。
這時期朝中有人倡議至浙江雲霧山採伐大木，用作修葺宮殿，紹軾又上疏勸阻，停止採伐。
御史趙允昌彈劾紹軾，紹軾上疏求退。
熹宗認為紹軾心直口快，婉言挽留，紹軾再辭、三辭，帝仍不准。
這時又有御史吳裕中彈劾紹軾為大奸，惡語極致。
魏忠賢察言觀色，見熹宗欣賞紹軾，以吳裕中報復紹軾之由，罷了吳裕中官職，廷杖一百。
紹軾聞知此事，立即上疏為吳求救，疏上，吳裕中已被杖死。
紹軾認為吳裕中死得冤屈，但礙於魏忠賢的淫威，深覺愧疚，而又有口難言。
禮部侍郎馮銓欲追論前朝三大疑案，一是「移宮案」，泰昌元年光宗死，熹宗朱由校當立。撫養他的李選侍與心腹魏忠賢，想利用熹宗年幼的機會，把持政權，據乾清宮。朝臣楊漣、左光斗等不讓她與熹宗同居一宮，迫使其遷至噦鸞宮，然後引太子還乾清宮舉行即位儀式。
二是「梃擊案」，萬曆四十三年手執棗木棍，闖入光宗朱常洛住的慈慶宮，打傷幾個守門太監。被執後供系鄭貴妃手下太監龐保、劉成引進。時人懷疑鄭貴妃欲謀殺太子。神宗與太子不願追究，以瘋癲奸徒罪殺張差於市，並斃龐保、劉成於內廷了案。
三是「紅丸案」，泰昌元年光宗即位後沉湎酒色，不久病重。司禮監秉筆兼掌御藥房太監崔文昇下瀉藥，病益重。鴻盧寺丞李可灼連進紅丸，自稱仙方，光宗服藥後即死去。
當時有人疑是神宗寵妃鄭貴妃指使下的毒，引來許多爭議。
結果崔文昇遣南京，李可灼遣戍。魏忠賢專權時翻案，免李可灼遣戍，擢崔文昇總督漕運。
諸多朝臣不滿魏忠賢妄為，要將三案主要責任的姓名勒於碑上，永遠不能翻案。
紹軾擔心此事引起諸多朝臣驚恐，極力勸阻不可妄行，使此建議未能實施。
滿洲兵侵犯山海關，關門兵少餉浮，熹宗準備下旨遣內臣坐鎮指揮，新設一管理機構，負責清兵清餉。
紹軾與諸閣臣以為不妥，同上密揭，述其理由有四。
其一，考察古今，揣度利害，遣內臣坐鎮邊關一線幾乎沒有成功者，反而多出禍亂。因為內臣是皇上近臣，代表皇帝說話，一言一行，前方將吏誰敢不聽，使臣一到將吏們圍著他們轉，分散將吏精力，無暇謀劃戰略戰術。
其二，無才者皇帝不會派遣，稍有才智者，往往下車伊始，亂發一番言論。
前線遼東經略熊廷弼主張守，而遼東巡撫王化貞主張戰，使臣不熟悉地形地貌和前期戰況，支持誰的觀點呢？若導致戰爭失利，責任由誰來負？
其三，文與文、文與武不和導致戰爭失敗的事例，屢見不鮮。
而今將吏不和已是客觀存在。
今派使臣赴前線，使臣就成了「憑中」。
文臣武將都要表述彼此是非，「憑中」若不能辨別對錯，輕易表態，輕則加深矛盾，重則造成內訌。
既然有如此之弊端，皇上為何要派內臣坐鎮山海關呢？
其四，清兵清餉是件好事，然而戰爭在亟之時能清出多少餉來？而增設一衙門要增加多少供應，並增加多少護衛，這是利少而弊多呀。疏上。
熹宗遣使臣坐鎮山海關的敕書已草成，準備發行。
他閱覽紹軾與諸臣密揭後，覺得言之成理，下旨暫停發敕書。
數日後，熹宗在魏忠賢、顧秉謙等人唆使下，下旨逮捕東林黨人，要將他們一網打盡，朝廷上下一片沸騰。
紹軾上言勸阻，毫無效果，便託病不出。
結果左副都御史楊漣、左僉都御史左光斗、御史黃尊素、文選員外郎周順昌等慘遭殺害。
就在此時，禁衛吏役在蘇州亂抓人，激起民憤，顧秉謙認為是亂黨作祟，要強力鎮壓。
紹軾以為不可打擊面太寬，顧秉謙聽了他的建議，只懲治了為首者，脅從
