蒙時雍的率眾投降並不代表著吳軍和太平軍的南京大戰畫上句號，為了徹底消滅南京城裡和城外的敵人，吳軍又足足用了兩天多的時間清剿城內殘敵，抓捕隱藏在民間的太平軍將士，追殺逃進北面紫金山區的太平軍官兵——也順便收繳太平軍十餘年來在江南各地搜刮來的金銀珍寶，古董文物，沒收太平天國各大頭目聚斂貪污而來的民脂民膏，黑吃黑吃得不亦樂乎。
一部分太平軍將士的頑固表現讓吳超越和吳軍將士都十分意外，在洪秀全已死、李秀成被俘和蒙時雍已經主動投降的情況下，一部分的太平軍將士不但依然拒絕放下武器投降，堅持依託街巷房屋與吳軍血戰到底，還有人直接喊出了『不留半片破布給妖兵享用』的口號，寧可一把火燒燒掉他們所保護的財產物資，也不願讓吳軍將士的貪慾得逞。期間江浙太平軍的重將吉慶元戰死，李秀成的乾兒子李容發則是不知所蹤，不知道是死在了隨處可見的火海之中，還是藏身進了民間。
許多的吳軍將士因此倒在完全勝利前的最後一刻，許多的太平軍將士在被重重包圍後先是打光子彈，然後縱火自焚而死，而這其中既有被邪教洗腦最嚴重的南京太平軍，也有加入太平天國時間不是很長的江浙太平軍。而更加讓人難以思議的是，在吳軍已經一再承諾不少俘虜的情況下，短短的兩天多時間裡，吳軍戰俘營中竟然先後發生了三起千人規模的戰俘暴動，小規模的騷動逃亡更是多達二十餘次，逼得吳軍將士只能是痛下殺手，殘酷屠殺了近兩千名已經放下武器投降的太平軍士卒。
考慮到將來光復東南的戰事很可能要以懷柔為主，吳超越也十分重視這些情況，花了相當不少的力氣調查太平軍為什麼這麼頑固的原因，還有太平軍戰俘為什麼會在放下武器後再次作亂的原因。結果調查出來的結果讓吳超越感覺棘手，原因一是太平軍的確被邪教洗腦十分嚴重，相信為太平天國戰死後可以上到天堂；二是各種各樣的國讎家恨，許多太平軍將士想為戰死遇害的親人報仇，所以堅持要和吳軍血戰到底。
第三則是流言作祟，太平軍戰俘中不斷有人傳言說吳軍遲早會屠殺戰俘，導致太平軍戰俘為了活命而暴亂逃亡，而這樣傳言的源頭既有些來自被邪教洗腦嚴重的太平軍戰俘，也有很多是太平軍戰俘不肯相信吳軍不殺俘虜的承諾，在恐懼中自行創造的謠言。
「麻煩啊，這些沒腦袋的蠢貨長毛，放下了武器也不讓人省心啊。這些蠢貨怎麼就不想一想，江浙福建還有那麼多土地城池被其他的長毛掌握，老子是瘋還是傻了會去干屠殺戰俘的事？老子以後還想不想招降其他的長毛軍隊了？」
揉著漲疼的太陽穴，吳超越滿嘴髒話，全無咱們大清鎮南王的風度風範，好在在場的幾個吳軍文武都已經熟悉了吳超越的為人德行，對此倒也見怪不怪。點頭附和之餘，戴文節還建議道：「鎮南王，應該早點處理戰俘的事了，一是我們現在需要穩定人心，二是好幾萬的戰俘關在戰俘營里，糧食消耗也是個大問題。」
「鎮南王，按老規矩辦吧。」周文賢也建議道：「老弱的發點乾糧和路費遣散，青壯的甄別收編一部分，剩下的打發到工地礦山干幾年苦役，這樣一來，長毛戰俘的人心也就可以穩定了。」
「當然得儘快這麼幹。」吳超越點頭，又皺眉說道：「不過這次有點不同，我想多收編一些長毛的精銳戰兵，把他們武裝起來，用來打剩下的長毛，北方的亂黨，還有我們答應過琉球國要給他們幫忙打扶桑，這些戰俘也正好可以派上用場。」
「這事好辦，青壯的長毛戰俘里，只要把兩廣老賊挑出來，剩下的想怎麼收編都行。」戴文節想不想就說道：「至於那些出了名頑固的兩廣老賊，要不就發配去當苦役，要不就賣到海外去當勞工，既不違背我們的承諾，又可以徹底消弭隱患。」
發配去做苦役和賣到海外做華工，一向都是吳軍對待太平軍兩廣老兵的不二法門，已經無比清楚太平軍老兵頑固程度的吳超越當然再次點頭，然而吳超越的神情依然還有些擔憂，盤算了半晌後，吳超越還突然說道：「我想重用李秀成，讓他重新帶著這些新收編的戰俘上陣作戰，幫我們去打剩下的長毛，北方的亂黨，還有海外的日本鬼子，你們覺得怎麼樣？」
「這……，太冒險了吧？」戴文節、張德堅和周文賢等人一起
