碇真嗣的母親名為綾波唯在他還很小的時候就死了。
以碇真嗣當時的年紀大概已經忘記了，實際上他見過母親出事的場景，最初的eva初號機控制系統計劃採用的是直接插入s2機關的方式，這一系統的發明者正是綾波唯，同時也自願成為第一個實驗對象。
結果實驗當然是失敗了，綾波唯直接消失在初號機體內，最終反而成為了初號機的控制系統，也是使得初號機幾乎成為碇真嗣專屬機體的根本原因。
這一點在新舊劇場版中差不多，雖然方式不同，不過碇真嗣的母親都是在初號機的第一次啟動中被吸收了。
也是從那時候開始，或許是刻意，或許是真的太忙，碇源渡再也沒有真正出現在碇真嗣面前，於是童年時代的碇真嗣就在事實上落入了沒有父母照看的境地。
當然基本的安全和教育都是沒問題的，畢竟在這個少年的身後永遠跟著數量不明的特務人員，保證他順利成長只是最基本的任務。
碇真嗣清楚自己是被特殊照顧的情況，畢竟那么小一個孩子，獨自生活的過程中難免也會遇到一些情況需要幫助。
也正是這種絕不同於其他同齡人的特殊待遇，再加上沒有獲得過家庭的溫暖，最終就導致了碇真嗣如今性格的形成。
聽話，懦弱內向，又容易在某些時候走極端。
而這一切盡在碇源渡的掌控。
來到第三新東京市，少年在面對許多事情時候做出的反應完全在碇源渡的預期之內。
這是14年前就寫好的劇本，孩子們的命運早就被定好了。
於是按照碇源渡的安排，碇真嗣在開始慢慢融入校園生活的同時，與綾波麗的接觸也開始增多。
綾波麗，14歲。
根據馬魯杜克的報告書選出來的第一適格者。
也就是evangelion試作零號機的專屬操縱者。
過去的經歷如同白紙全被消除了。
而真實情況則是，綾波麗是利用莉莉絲的體細胞和綾波唯的基因結合製作的克隆體，同時體內蘊含著莉莉絲的一點靈魂碎片，作為莉莉絲的靈魂容器而存在。
大概是技術上的不夠成熟，按道理利用莉莉絲細胞製造的eva零號機應該與綾波麗非常匹配，但是在實際試驗過程中零號機卻一直處於不太穩定的狀態，各種失控事件不知道發生了多少次，駕駛員與eva最基礎的神經元同步率也不算高，這就導致eva零號機能夠發揮的力量和絕對領域強度都比較有限。
在抗擊第四使徒的過程中，零號機就受過重創並且導致了綾波麗受傷，之後一直處於重建和維修之中，因此在之後與第五使徒晝天使的戰鬥中零號機只能作為一個萬不得已情況下的預備力量。
然後又經過一段時間的處理，零號機與綾波麗終於休整得差不多了，於是啟動試驗再次展開，只是整個過程依舊充滿了危險性，那個一身黃色塗裝金屬裝甲的獨眼eva時不時就會失控，甚至經常拒絕綾波麗的精神鏈接，又或者試圖將綾波麗的駕駛席拉入危險深度。
在這不斷調試的過程中，碇源渡表現出了超乎尋常的關心。
從來不與碇真嗣多說半句話的冷酷中年男卻能與同樣不善交際的綾波麗微笑對話，在發生危險的時候也經常第一個衝上前去參與救援。
也不知道是故意如此，還是綾波麗與凌波唯近似的樣貌使得碇源渡在某些時候放下了平日的陰沉冷酷。
而這一切都被每天都要來到基地進行各種測試和學習的碇真嗣看在眼裡。
一個從小不被父親重視的孩子，在看到父親轉而去關心其他同齡人的時候，可想而知心裡會是什麼樣的感受。
還好，碇真嗣本質上還是一個心思不壞的孩子，並沒有因此生出什麼怨懟心態，反而更多還是一種好奇：「為什麼父親對綾波似乎特別關心？」
隱
