先遣軍團戰敗後，軒轅儘管有心再戰，卻也無可奈何，只得先一步統一族地，此後聚集合力，再次征伐九黎部落。
於戰敗後，軒轅方才深入了解九黎部落，以致一時間大驚不已。
因族人均為混血後裔之故，蚩尤在恢復大巫之身後，特意將巫族之法傳下，如此許多族人得以激發巫族血脈，化作本體模樣，由此被傳為獸身人語，銅頭鐵額。
且不管九黎之人如何怪異，其戰力卻非同小可，普通人族武修，根本不是同等巫修的對手，即便兩人、三人聯合起來，也很難取勝。
如此這般，軒轅不得不壓下心中怒意，先一步整合不周山族地，待將族地完全統一，其方才整兵備武，聯合北俱蘆洲內的正統人族，向著九黎部落攻去。
然而戰事剛一開啟，軒轅便受到當頭一棒，經過上千個元會的修煉，其業已晉級大羅金仙，然而與蚩尤相鬥之時，卻屢屢受制，蚩尤手中的化血神刀，端是威力無窮，一旦被其傷到，非萬年閉關，不得恢復。
於是，軒轅信心十足的首戰，很快再次大敗而回，即便其自身，也受創於化血神刀之下，不得不先行閉關萬年。
在此期間，蚩尤率領九黎大軍，已然初步整合小半個北俱蘆洲，其內生存的正統人族，無不被驅趕至它處，因之生於人族，倒也也不好妄殺，是以流離失所者多。枉死者鮮少。
軒轅與蚩尤之戰，可謂人族內戰，因此軒轅每每大敗，卻不曾被九黎大軍追擊，是以雖然戰敗，待將遺散兵卒收攏，其數不曾少去太多。
這一戰爭模式，有些類似於華夏古代，春秋早期以及之前的戰爭，雙方只為勝負。並不謀求多殺。待一方承認失敗逃遁，另一方不但不追殺，甚至還會助其逃亡，至多嘲笑幾句罷了。
待軒轅恢復傷勢重新出世。部落外有一修士求見。卻是那老子之徒玄都。剛一表面來意，軒轅便大喜迎出部落之外，謝道：「軒轅多謝聖人賜寶！」
此時的軒轅。僅為人族共主，尚未成就聖人之尊，因此對於太清聖人，自須一番恭敬，何況對方遣派玄都此來，卻是為了送於自身靈寶呢？
玄都所送之寶，正是當初帝俊煉製的屠巫劍，於巫妖終戰後，遺落於戰場之上，為太清老子得到，後被其一番重煉，並加入一些後天功德，得以成就後天功德靈寶。
如此不僅靈寶更為犀利，其破防巫族之身的能力，也不曾絲毫減弱，待軒轅攻伐九黎部落大敗後，老子才將玄都派出，以屠巫劍相贈。
此後屠巫劍追隨軒轅一生，以之為軒轅劍，不負屠巫之名。
有了屠巫劍相助後，軒轅的心思再次活泛起來，於是重聚大軍，再次與蚩尤戰於北俱蘆洲之內，然而結果不曾絲毫改變，卻是一敗再敗，接連八次之後，不得不收縮兵力於族地之內。
眼見時機已至，元始派出廣成子等人，通天派出多寶等人，西方二聖派出藥師與彌勒，以及毗婆屍等上古佛，相繼來到黃城，輔助軒轅征伐九黎。
因軒轅曾拜祖鳳之故，聖人門徒也不得不以晚輩自居，除去教派之爭以外，眾人與軒轅相處倒也算融洽。
此後昊天上帝，亦派出九天玄女，帶來十萬天兵天將相助，令軒轅一時間信心大盛，再次舉兵出於不周山族地，與蚩尤麾下的九黎大軍相鬥。
此次得天兵天將，以及眾多聖人門徒相助，軒轅一方才得首次獲勝，正欲乘勝追擊之時，蚩尤一方卻高掛免戰牌，以致軒轅一方不能擴大戰果。
洪荒自從開闢以來，雖然已經過去三個量劫，然而眾生的心性，卻大多非常淳樸，蚩尤剛一掛出免戰牌，軒轅便不再繼續攻伐，如以前世之人看來，卻是太過痴傻。
眼見己方高層戰力不如軒轅，蚩尤稍一思量，便將主意打到巫族身上，一則其自身曾為天巫，如今又是大巫之身，理應向巫族求救。
二則九黎大軍均為人巫混血後裔，經過修煉巫法一事，許多族人已然轉修為巫，如此巫族自不應坐視不理。
於雙方免戰之際，蚩尤獨自離開部落，向著北俱蘆洲中心飛去，待來到地火城左近，方才見到刑天，進入盤古殿內。
為了護衛巫眾周全，十一祖巫於重生之後，並不曾將盤古殿帶走，而是將之留於刑天守護，以此
