緊靠著木葉村的山谷夜裡突發大水，而且冒出來的還是濃稠如墨汁一般的黑水，這自然第一時間就驚動了村子裡巡邏的忍者。
暗部也迅速做出反應，派出人員前往查探的同時，連夜向三代火影和波風水門匯報了這個情況。
木葉村的組織能力和忍者的執行力都非常出色，一系列行動並沒有引起村子的騷亂，村民們也都大多不知所覺，依然沉睡在自己甜美的夢鄉里。
但近日來到木葉的各國忍者幾乎都是本國的精銳，木葉的異常還是引起了他們之中不少人的注意。這些人都在猜測木葉究竟發生了什麼，一些交好國家的忍者甚至連夜互通消息，希望吃到第一手的好瓜。
當暗部開始進行調查的時候，上杉真司和大蛇丸已經離開了研究所了。暗部最終得出的調查結果就是，大蛇丸帶著一名不明身份的忍者洗劫了根組織的實驗室。
根據根組織實驗室中殘留的人體實驗的痕跡，暗部目前的推測就是兩方可能因為實驗出現了衝突，大蛇丸出手盜取了根組織的實驗成果。
當然，即使木葉明令禁止人體實驗，大蛇丸的這次行動也跟伸張正義搭不上邊。暗部搜查了大蛇丸的住所，發現大蛇丸早已經清空住所里的東西，基本也可以判定他叛逃木葉。
三代火影和波風水門得到暗部回報的時候，波風水門極為震驚，而三代火影也表現得極為震驚。
波風水門對於根組織和大蛇丸進行人體實驗的事並不清楚，而三代火影對於對此早就知曉了，只不過一直以來他都是睜一隻眼閉一隻眼。甚至於大蛇丸會叛逃，三代火影心中隱隱都有了一絲預感。
波風水門和三代火影經過一番商議之後，決定關於根組織偷偷進行人體實驗的事情在木葉內部暫時先壓下，等到火影繼任儀式結束之後再處理。
至於幾乎已經確定叛逃的大蛇丸，則出動一支暗部精銳去尋找他的蹤跡，待找到之後再安排力量將其逮捕回木葉。
此時三代火影和波風水門都還不知道，原本準備等自己弟子正式就任火影之後再離開的自來也，已經獨自一人去追大蛇丸了。
......
在大蛇丸和上杉真司分贓的臨時地點，上杉真司已經將剩餘的十幾卷實驗資料都大致過目了一遍，兩人這場交易也算是正式結束了。
正當他們準備離開的時候，一個一陣響亮的腳步聲卻突然響了起來，聲音也距離兩人越來越近。
這個腳步聲之所以用『響亮』來形容，是因為來人腳上穿著的是木屐。踩在附近這片岩石地面上聲音格外明顯，而且似乎對方也絲毫沒有想要隱藏行跡的意思。
「是他。」
大蛇丸眼中閃過一絲異色，顯然他已經知道了來者何人。
上杉真司則是轉眼看向腳步聲傳來的方向，月光之下映照出一個高大挺拔的身影。
這是一個大約四十歲左右的中年男人，粗獷的國字臉上在眼睛處畫著兩道油彩，一頭張揚的白髮更是極為顯眼。
他的身上穿著一套深青色的武士短裝，腳下踩著木屐，背後則背著一個長度超過一米半徑接近一尺的巨大捲軸。
來者不是旁人，正是與大蛇丸同為三忍之一的自來也！
（備註：這個時期自來也的裝束與在動畫/漫畫初登場時的經典造型並不一樣）
「大蛇丸，你想要去哪裡！？」
自來也先是看了上杉真司一眼，然後便將目光放在了大蛇丸的身上。此時的他還以為一旁的上杉真司是大蛇丸的手下。
聽到自來也略帶著憤怒的質問，大蛇丸臉上的表情則顯得無所謂。他攤開雙手笑著說道：「自來也，沒想到你板起臉來倒是有幾分氣勢，比平時那副好色的傻樣順眼多了。」
自來也並沒有理會大蛇丸的調侃，只是目光依舊死死地盯著對方，然後大聲喝道：「大蛇丸，回答我的問題！」
大蛇丸緩緩收起了笑容，狹長的雙眼閃過一絲危險的光芒。
「難道你以為...我做事還需要向你解釋嗎？識相的話就立刻讓開，否則我不介意在這裡了結了你。」大蛇丸沉聲說道。
自來也聞言卻是
