山中遠和葉倉在瀧之國親親我我的時候，團藏等人一起來到了三代火影家中。
三代火影嘆了口氣，他早猜到以他這些老戰友的性格，一定會來找他的，甚至連他們找他的原因也猜到了。
團藏坐下的第一句話就是：「日斬，我想和你談談宇智波一族的事情。」
三代火影聽到團藏的話後，露出了一副果然如此的表情，而一旁的水戶門炎，轉寢小春二人也是滿臉嚴肅的看著三代火影。
「日斬，看來你心裡也有數，那我們就不廢話了，這件事你是怎麼想的？」水戶門炎接著問到。
「沒錯，那天晚上九尾的狀況的確有問題，後來我也問過遠他們，得到的回答是：九尾是被人控制了。」
團藏冷哼一聲：「哼！果然如此！該死的宇智波一族！」
三代火影眉頭一皺：「團藏，事情還沒有查清楚，你這麼說不好吧！」
「還有什麼好查的？從戰國時期到今天，能控制尾獸的只有宇智波一族，而且山中遠那傢伙都有了斑的眼睛，他控制九尾應該...」
「夠了團藏！這件事絕對和遠沒關係，你懷疑宇智波可以，懷疑遠就過分了！」三代火影當即打斷了團藏的話。
「日斬，你別生氣。團藏他只是合理的猜測，比較萬花筒寫輪眼的可怕咱們都聽扉間老師說過。」水戶門炎連忙在一邊勸解到。
「日斬，我希望你能做出行動，調查一下宇智波一族，這次我們損失的可是四代火影！」一直沉默的轉寢小春也表明了自己的態度。
三代火影點點頭說到：「這你們放心，關於宇智波一族我已經派出暗去秘密調查了。」
「結果呢？有沒有什麼收穫？」聽到三代火影有所行動後，水戶門炎問到。
「根據暗的調查，目前宇智波一族是沒有萬花筒寫輪眼的，普通的三勾玉控制九尾應該是不可能的。」三代火影回答到。
「說不定是他們隱藏的好。日斬，我要求恢復根部，你的暗部查不到的事，就交給我的人吧！」
團藏趁機提出了恢復根部，三代火影猶豫片刻後，允許他恢復根本的部分功能，但是要等旗木朔茂同意以後。
團藏則是不以為然，有了三代火影點頭，他的根部已經能重建了，旗木朔茂同不同意又有什麼關係？
得到自己想要的東西以後，團藏帶頭離開三代火影家中，水戶門炎緊隨其後，轉寢小春則是留下來和三代火影聊了一會其他事情。
第二天，火影辦公室，三代火影和旗木朔茂說起了讓團藏重組根部的事情。
「不行！我不同意！我不會允許一個勾結雨忍村的人擁有這麼大的力量！遠也不會同意的！」旗木朔茂當即拒絕，並抬出了山中遠。
三代火影和團藏相處多年，他一直相信團藏對木葉是忠心耿耿的。
「朔茂，你相信我！團藏是絕對不會做出損害木葉的事情的。我之前還在想，如果根部沒有解散，九尾之夜的時候，有了根部的幫忙我們的損失會不會小很多？所以根部的存在是有他的價值的。」
旗木朔茂沉默了，三代火影說的是客觀事實，儘管對團藏這個人旗木朔茂很討厭，但他的根部比起暗部來確實強很多。
三代火影見旗木朔茂的態度有所鬆動，馬上趁熱打鐵繼續說到：「朔茂，那天晚上九尾被人控制你也是知道，能控制九尾的只有宇智波，而且遠有萬花筒寫輪眼，村子裡一些人對他已經頗有微詞，因此我們需要根部的力量來制衡宇智波，查明真相。」
沉默許久後，旗木朔茂說到：「三代大人，我考慮過了！重組建根部我不會同意的！」
三代火影該說的話都已經說了，可旗木朔茂態度還是這麼堅決，三代火影嘆了口氣轉身離開了火影辦公室。
團藏那邊在得知旗木朔茂不允許他重組根部後，絲毫沒有在意。
團藏把根部的忍者隱藏在了三代火影的直屬暗部中，三代火影默許了團藏的舉動。
有了三代火影的支持，根部的忍者被大量召回，根部的重組也很快完成了。
根部忍者的第一個任務就是監視宇智波一族，順便在村子裡散布消息，九尾是被人控制的，而控制九尾的就是宇智波一
