時間一晃即逝，距離和輝夜姬一戰，第四忍界大戰落下帷幕，整個忍者世界恢復和平，在總統再不斬的帶領下，進入了大發展時期。
妖怪們和海賊們也都回到了各自的世界，這趟異世界之旅，讓他們觸動很大，尤其是海賊們，他們第一次感受到，什麼叫做天外有天，人外有人，連強大的白鬍子老爹都被人控制，成為敵人的傀儡。
白鬍子老爹也認了小蘭當乾女兒，對同樣擁有震盪之力的小蘭，白鬍子老爹可是喜歡的緊。
忍者世界的五大國和諸多小國合併，正式成立聯邦整體，忍村模式依然保存下來，但是，聯合成立了忍者議會，所有忍者必須登記在案，每年都要到忍者議會報道。
和輝夜姬一戰，無限月讀的恐怖力量，給了所有人敲響了警鐘，所有的禁術，都封存起來，未經忍者議會許可，不可讓旁人學習。
除此之外，第五代火影年近六十的綱手退位，由卡卡西繼承火影之位，成為第六代目火影。
恢復青春的三代火影老爺子，不想承受火影位置帶來的重擔，帶著團藏的牌位離開木葉，到處遊歷，完成年輕時未完成的心愿，把木葉交給了卡卡西。
卡卡西體內有著初代火影的細胞，雙眼是萬花筒寫輪眼，神威之力鬼神莫測，其實力是五影之首，也是忍者議會的第一任會長。
宇智波斑本是第四次忍界大戰的源頭，但是，最終的幕後黑手是黑絕和輝夜姬，宇智波斑也是受害者，念在宇智波斑和輝夜姬戰鬥有功，功罪相抵。
宇智波斑無罪，恢復清白之身，因為宇智波斑實力極強，卡卡西在忍者議會中，讓宇智波斑掛著名譽長老的頭銜。
雖然，宇智波斑對什麼名譽長老，表示很不屑，但看在凱撒的面子上，也沒有說什麼。
大蛇丸也洗脫『冤屈』，從叛忍名錄中剔除，成為忍者議會的科研部張併兼任長老，
大蛇丸還靠著從宇智波斑身上得到的素材，還有宇智波帶土收集來的，宇智波一族的無數寫輪眼，對萬花筒寫輪眼的研究，也有了突破性的進展。
再攻克幾個難題，大蛇丸或許就可以，不需要直系血親的寫輪眼，就能將萬花筒寫輪眼提升至真正的永恆萬花筒級別，而不是靠著初代火影細胞，來達到偽·永恆萬花筒。
還有值得一說的事情，就是三船和古伊娜，率領著鐵之國，離開了忍者世界，搬進了海賊世界。
忍者世界裡到處都是忍者，已經沒有多少武士生存的空間，在忍者世界，武士之道是無法發展的，只會逐步走向末途。
但是，海賊世界不同，海賊世界劍道盛行，有無數劍客在以世界第一大劍豪為目標而努力，鐵之國的武士在海賊世界將會重獲新生。
克洛克達爾的巴洛特工作社，也在忍者世界建立了分部，手下有賞金獵人、有海賊，也有忍者，特工遍布海賊和忍者世界。
忍者世界步入了正軌，不再需要凱撒操心，在發生什麼事情，也有聯邦和忍者議會在，宇智波斑、佐助、鼬和鳴人等人也都不是吃素的。
凱撒目前最重要的工作，就是連接數碼世界，通過小蘭等人，了解數碼世界具體發生了什麼事。
「在人類世界，我們消滅了究極吸血魔獸後，部落統一了沙拔大陸和周圍的海域，妖精獸大人帶人尋找被卷進時空亂流的你的同時，部落也在向外擴展，但一群海外大陸的數碼獸難民，來到了沙拔大陸。」
「那個海外大陸，就是奧加獸曾經去過的那塊大陸，也是巫師獸的故鄉，海外大陸數碼獸的領導者是公爵獸大人...」小蘭說道。
凱撒聞言，對此有些印象，當年凱撒初出茅廬，和當時還是哥布林獸的奧加獸，還有小狗獸的小哀一起，三人住在數碼獸森林。
可惜，發生了一連串事情，三人分散，小哀失蹤，凱撒離開數碼森林尋找小哀的蹤跡，建立偌大的部落，統一了沙拔大陸，可至今也沒找到小哀的消息。
而哥布林獸找到了凱撒留下來的紙條後，為了尋找凱撒和小哀，也離開了數碼森林，因為一番機遇，到了數碼世界的另一塊大陸。
在那塊大陸上，哥布林獸進化成為了奧加獸，靠著出色的實力，奧加獸在另一塊大陸展露頭角，還被封為了格拉
