「可惡，怎麼.....一直是這樣麼，難不成我們的努力都白費了嗎？」柯南眉頭緊皺。雙手插著口袋，目光緊緊盯著顯示屏。
自從黑衣人那裡得到他們最新研發的產品APTX-3000天天埋頭實驗室，想找尋到身體變小的外因素。
「還是沒有結果嗎？看來得讓阿笠博士來幫忙了」灰原手捧著咖啡，悠然站在柯南身後。
柯南想了想。但他還是有所顧慮，若是找阿笠博士幫忙。就會知道他的計劃。「不行，不能告訴阿笠博士，但我需要用到它的最新基因實驗室。如果可以，你也可以變回原來，雪莉。」
「不，不要，我不要做回雪莉，我不想被組織的人抓到，但我可以幫你研製解藥，新一」灰原驚慌的捂著耳朵，不想將過去再回憶起來。
灰原與柯南決定偷用阿笠博士的實驗室。
柯南回到家中，看著沙發上側躺著喝著醉醺醺的毛利小五郎，微微一笑，走進了自己的房間。看了看表，等待著晚上的行動。「你回來了，柯南？」這一聲，嚇到正在沉思中的柯南，原來是小蘭推開了他的房門。「是你啊，小蘭姐，我剛回來，出去踢了會球。」「好的，那你一會記得來吃晚飯哦」小蘭看著手機里圓子發來的同學聚會照片，哼著小曲出了柯南的房間。柯南看著小蘭的背影，心裡說到：蘭，我馬上就會回來的，很快我就會來到你身邊。
夏日的晚風微微吹拂著，悶熱的天氣讓人一刻都不想離開吹著空調的房間。灰原哀已經到了柯南家的樓下，給柯南發了條短訊。柯南起身收拾好東西。走出房門，到客廳給小蘭姐和小五郎叔叔說「我出去一下小蘭姐，很快回來，晚飯你們先吃了」「這麼晚了去哪啊小鬼？」小五郎一個葛優癱，頭也不正問道柯南。「叔叔我就出去一下，你們吃完飯吧不用等我了。」說完就噔噔噔跑下樓。
灰原舔著雪糕，看著柯南匆忙的跑下樓，「帶的東西帶了嗎？」柯南氣喘吁吁的說到，「看你累的，下個樓梯至於這麼著急嗎？東西我都帶到了，我聯繫組織的一個同伴給我幫忙搞到了另一種基因藥物，目前她也準備脫離組織，我們可以用到。」「那我們就出發吧，希望阿笠博士不會過來。」柯南放下滑板，與灰原哀前往阿笠博士的最新基因實驗室。
然而阿笠博士早已經料到他們會拿到組織的最新藥品，已經在實驗室等著他們，作為組織的最大頭目，阿笠博士所做的一切都是在他的計劃中，他也會讓柯南重新變回新一，這樣組織就可以順利去找到工藤優作與工藤有希子二人，拿到他們最新的資料，來解決掉昔日的事情。
柯南與灰原到了實驗室後並沒有發現阿笠博士的車就停在門口，兩人悄悄潛入了實驗室，柯南用眼鏡掃描了一下，沒有發現活物移動鏡像，安穩的走到了大廳中央。大廳四面寬廣。中間放著一台基因重組機器。就在他們打量著這台機器的時候。四面燈光亮起，所有機器啟動，伴隨著一陣陣的腳步聲，柯南清楚的知道了阿笠博士在此等他。
「柯南，小哀，你們來此想做什麼呢」「。。。。。」「噢什麼都不需要說了，我都已經知道了，你們拿到了黑衣組織的最新藥品，想要用我的設備完成你們的測試對吧？放心吧柯南，我會幫你完成的，」柯南想著這博士是想做什麼呢？難道他與組織有關?或又是誰走漏風聲?他看看灰原，灰原默默的搖搖頭，她也不知道是什麼情況。「來柯南，把APTX-3000給我吧，現在開始研製解藥，我這裡也有研製的解藥，但沒來得及做實驗，這次就一起用上吧。」阿笠博士走到柯南跟前。「博士你為什麼想幫我們呢？」博士大笑道「不為什麼，你要知道，我一直都在做解藥試驗，如果新一你可以變回去，那麼我們就意味著解藥成功，意味著可以研發更多的解藥來對付組織的各種產品。」博士邊說邊啟動著機器，柯南想了想，給了博士藥品，至此只能一搏了，如果成功，他就可以回到父母跟前，可以回到小蘭身邊，總是跟個電話談戀愛，還談那麼久，放誰時間久了都會有點難受。他告訴博士「這次只能成功，不能失敗，而且不要跟以前一樣，只有一個時辰的藥效」「放心吧新一，這個解藥我已經做過分析了，他的改善基因效果非比尋常，跟之前接觸的藥品很不一般，新一，在注射這個藥物之前，你得有所心理準備，或許會吞噬你
第1章 王者歸來
