碇真嗣已經不想重啟世界了，碇源渡也已經接受了每年七夕見妻子的現實，而碇唯則前去探索宇宙。
人類在浩瀚的宇宙中非常渺小，碇唯知道只有多收集情報才能保護人類。要知道連使徒都是來自宇宙深處，這說明宇宙中肯定存在了不得的文明。
雖然《死海文書》說一切都是由世界樹開始的，使徒和人類的不同是因為使徒吃了生命之果，人類吃了智慧之果，朗基努斯之槍是世界樹的樹枝，但這是古代人類的藝術創作，其中摻雜了大量的宗教想像。雖然《死海文書》內確實記錄了所有使徒的存在，也記錄了亞當和莉莉絲的沉睡地址，但並沒有解決使徒到底是從哪裡來的這個問題，也沒有解決為什麼主導融合可以重啟時間線。
使徒來自宇宙這是可以確定的，因為在月球上也有一個神秘的巨大物體，遠古人類對使徒的了解太少，所以添加了很多的想像。
不過就算渚薰也不知道使徒到底是什麼，他們的存在好像就是為了融合，但為什麼融合，渚薰也不知道，就好像是預先設定的情報。有時候也是細思極恐，或許使徒和人類很可能是被某一種更高級的文明設計出來的。
如果真的有製造使徒的文明，那麼碇唯一定要找到他們，不管花費多少時間也在所不惜。其實她覺得根本不用每年和家人團聚，畢竟她早就決定犧牲小家為大家，從她成為改良選擇派開始，她代表的就是改良選擇派，而不是自己。
當年劉邦父親被項羽抓了，項羽要煮了他，劉邦沒有說讓大軍進攻，而是說『分一杯羹』。因為劉邦是首領，他不能從個人角度思考問題，士兵們跟著他並不是為了他個人的私事，而是為了自己能有飯吃。
碇唯既然是改良選擇派的創始人，如果碇源堂被使徒抓了，那麼她也只能說一句『分一杯羹』。她不能為了家人耽誤改良派的使命。
所以這家人都有了各自的選擇，碇真嗣也已經長大，他現在也有自己的工作，已經不需要父母的安排了。他已經接受了分分合合的現實，接受社會運轉的規則。
一個主張會分為原教義、改良派、篡奪派、反對派，不僅僅是seele如此，可以說是任何的大勢力都會這麼發展。然後不停地對抗合作，吞併消滅，最後再次統一。統一之後再次分開
碇真嗣已經很清楚人類社會的規律就是如此，一旦接受了這種設定就不會覺得有什麼問題了。
Seele就是接受不了這樣的設定才會想著融合，才會設計《人類補完計劃》，希望人類靈魂融為一體，這樣就萬事大吉了。可惜融合之後還是會分開，融合併不是終點，只是起點。人類分裂的狀態才是融合的終點。
「好了，差不多搞定了。」杜蘭表示三個主角都有幸福的結局了，迪妮莎也再次收集了一大堆綾波麗克隆體。這些克隆體裡都有莉莉絲的靈魂碎片，都是完整的人，只是需要教育。
綾波麗克隆體很多都很調皮，所以都要對她們的性格進行一定的調整，不然就會變成毒舌綾波麗，會非常敏銳地洞悉人類的內心，一個個都好像小惡魔一樣。只有壓制了感情，她們才是三無美少女，才會安安靜靜。
迪妮莎把所有綾波麗都打包了，杜蘭則是把seele的技術都打包了，不過現在seele並沒有消失。雖然和末日世界融合，但seele還在運行，他們還是沒有放棄融合，只是一切都被凍結了，只能努力發展技術，之後再重啟補完計劃。
對於seele的殘黨，杜蘭讓他們繼續存在下去。因為就算消滅了他們，過段時間肯定就會又有人受不了心之壁的存在，就又會搗鼓一勞永逸讓人類融合的計劃。總是會有人想要走捷徑，想要用最簡單的方法去解決複雜的問題。
比如滅霸喜歡用消滅一半生命的方式解決宇宙的資源危機。比如薩維奇喜歡用科技倒退的方式來爭奪人類的永久控制權。比如佩恩會用破壞木葉的方法傳播和平理念
很多反派總是希望把問題簡單化，把複雜的情況歸結在一個因素上，然後通過一個因素來解決問題。
然而事實上並不是一個因素引發的問題，而且就算暫時解決了這個因素也沒用。比如佩恩毀掉了木葉，讓全世界都感受到了疼痛，但很快疼痛就會
第兩千八百二十二章重啟衝擊
