在琉球全線反攻第二天的時候，日本本土也進入了征戰狀態。也就是在民國三十四年5月22日、23日，美軍第二十四軍配合志願軍一師攻占日本本土九州，日軍以九州的第五航空艦隊和第六航空軍為主要兵力，台灣島的第一航空艦隊和第八飛行師團為輔助兵力，出動海軍飛機462架，陸軍飛機237架，共699架，其中自殺飛機355架。
最後擊沉美軍驅逐艦3艘、坦克登陸艦1艘和萬噸級軍火船2艘，擊傷戰列艦、航母、護衛艦和布雷艦各1艘、驅逐艦8艘，美軍傷亡有數百人之多，儘管戰前美軍就估計到了日軍會發動自殺性攻擊，但日軍攻擊之瘋狂、美軍損失之慘烈，仍令美軍膽戰心驚。日軍將這兩天的戰鬥稱為「菊水一號」作戰，出擊的日機共被擊落335架，約占出擊總數的48%。
5月24日、25日，日軍發動了「菊水二號」作戰，因為「菊水一號」作戰中損失的飛機還沒來得及補充，所以出擊的飛機數量要比第一次少，海軍出動200架，陸軍192架，其中自殺飛機202架。
由於兵力不足，日軍在攻擊戰術上作了一些改進，先出動戰鬥機吸引美軍的戰鬥機，當美軍戰鬥機燃料耗盡返回母艦時，攻擊機才飛臨目標上空進行攻擊，同時日軍還開始使用一種新式武器——「櫻花彈」，實際上是火箭助推的載人航空炸彈，由攻擊機攜帶到達戰區後脫離載機，由敢死飛行員駕駛沖向目標，裝有一噸烈性炸彈，由三台固體燃料火箭發動機推進，時速高達800公里，威力很大，美軍則稱之為「八格彈」，這種武器給美軍造成了不小的損失。
此次作戰，日軍共擊沉美軍驅逐艦、登陸艦各1艘，擊傷戰列艦1艘、驅逐艦6艘、護衛艦3艘、掃雷艦、布雷艦和登陸艦各1艘，日軍損失飛機205架。
美軍為了減少損失，在日機最有可能來的方向派出雷達警戒艦，當發現日機飛來，一邊發出預警，一邊引導空中的戰鬥機前去攔截。此外還在剛占領的沖繩島機場上布置大量戰鬥機，專門用於截擊日軍來犯飛機。
但中美聯軍對九州地區的進攻卻非常艱難，因為日軍在本土的主力就部署在九州，而且充分利用懸崖峭壁、深溝高谷等險峻地形構築起堅固隱蔽的防禦工事，所以美軍進展極其緩慢。
6月9日，由於中美聯軍遭到了頑強抵抗，推進嚴重受阻，美軍只得將留船預備隊第二十七師投入九州作戰。
在這樣猛烈持續的火力打擊後，聯軍發起了進攻，但日軍利用坑道躲避聯軍的轟擊，當志願軍一師和美軍二十四師炮火開始延伸地面部隊展開攻擊時，才進入陣地迎戰，因此聯軍的攻勢一次次被瓦解。
至此日軍充分顯示了其頑強的戰鬥意志，每一個山頭，每一個碉堡，每一個坑道，甚至每一塊岩石，美軍和志願軍都必須經過多次血戰，才能奪取下來，激烈的戰鬥整整進行了五天，中美軍的進展總共也不過數米！
6月13日，星期五，這是個遲到的黑色日子，美國總統羅斯福在喬治亞州溫泉逝世。美軍上至上將司令，下至普通一兵，無不感到震驚和悲痛。尼米茲以太平洋戰區全體官兵的名義向羅斯福夫人發去了唁電。日軍乘機大作文章，大肆散播題為「美國的悲劇」的傳單，聲稱特攻作戰將擊沉美軍所有戰艦，並使無數人成為孤兒。
日軍大本營急不可耐抓住時機發動反擊，在大本營的一再命令下，日軍發動了反擊，投入全部力量對中美聯軍進行反撲，日軍先以敢死隊員懷抱炸藥採取自殺攻擊方法炸毀美軍坦克，再對失去坦克掩護的聯軍步兵發起衝鋒，志願軍和美軍在日軍衝擊下，節節敗退，死傷將近5000，全憑後續部隊的重炮和海空優勢火力才將日軍攻勢遏制。
但從日本本土的地形來看，大部分海岸都不太適合登陸，只有南部的九州島和東京東南方向的關東平原海灘適宜大部隊登陸，因此，美軍決定改變策略暫緩實施兩次大規模登陸作戰—進攻九州的「奧林匹亞計劃」和直指東京的「寶冠計劃」。
由於日軍過於反抗，聯軍傷亡巨大，進攻東京的「寶冠計劃」預定暫緩實施，為了迷惑日軍，美軍還制訂了一個名為「水彩筆」的迷惑計劃。讓日本軍部相信美國參謀長聯席會議已經放棄了直接進攻日本本土的構想，讓日軍誤以為美軍想用封鎖
