在一次大擺宴席的時候，敵軍發動襲擊。秦良玉與丈夫率先出擊，將其擊退，而後乘勝追擊，接連攻破金柱關等7個營寨，大破楊應龍的叛軍，秦良玉位居首功。
但在楊應龍兵敗身死之後，秦良玉卻不願意自保軍功。公元1613年，馬千乘被太監邱乘忠誣陷，在獄中病逝。
丈夫死後，秦良玉並沒有選擇隱退，而是接替了馬千乘的職位，正式以土司的身份走上了更為傳奇的征戰人生。秦良玉忠君愛國，曾三次從四川出發，千里奔赴北方抗清。
1621年，後金包圍重鎮瀋陽，秦良玉一家兩代四口灑血沙場。在渾河與清軍血戰中，長兄秦邦平戰死沙場。
秦良玉突圍初期，榆關大戰中親率3000士兵奮力抵抗。所經過的地方秋毫無犯，明熹宗下詔給秦良玉加二品官員服飾，並封秦良玉為誥命夫人，封秦良玉兒子馬祥麟為指揮使。
第二次是1629年，皇太極率軍攻到北京城下。袁崇煥被捕入獄，京城內亂，秦良玉再次奉命進京，駐兵於今宣武區四川營胡同，成為了清軍難以逾越的障礙。
現在到京北宣武門四川營胡同還可以看到門上刻有「淑女界偉人秦少保駐兵遺址」12個大字。
第三次是1630年，清軍大舉進攻，永平四城失守。皇太極即位後，朝廷詔令天下，秦良玉拿出家中的所有財產充當軍餉，晝夜兼程，再次馳援京師。
此時秦良玉已經極負盛名，連皇太極也不敢小覷。他派出了自己的得力幹將多爾袞率領的最精銳的部隊。秦良玉也深知金人鐵騎的厲害，於是她制定了嚴密的計劃，智勇雙全，幾個回合下來，清軍騎兵損失大半。
沙場老將多爾袞在與其真正交手後才知道對手有多厲害，他自知不敵，趕緊迎親收兵返回了營地。
秦良玉大獲全勝，皇太極全軍潰敗，皇帝朱由檢特意下詔表揚，並於平台召見秦良玉，賦詩四首，表彰秦良玉的功勞。
世間多少奇男子，誰肯沙場萬里行。但此時的明朝已是內憂外患，危機四伏。公元1634年，清軍大軍剛剛敗退，張獻忠又率部起義。
秦良玉並未推脫，張獻忠對秦良玉的勇猛早已有所耳聞，聽說秦良玉率軍趕到後立即不戰而逃。秦良玉率軍追擊，與正好回師的兒子馬祥麟前後夾擊，大敗張獻忠，使之退走。
而後才有了張獻忠被朝廷招安。1640年，張獻忠再次造反，秦良玉再次挺身而出，先後在柳馬埡、譚家坪、北山新四里大破敵兵。
然而就在秦良玉節節勝利，張獻忠損失慘重，形勢越來越好的時候，剛上任的楊嗣昌卻不自量力，小覷張獻忠的軍隊，放入四川將其圍殲。
但因為兵力不足，寡不敵眾，致使明朝良將傅宗龍被張獻忠部下射死，大明軍白家軍損失大半。
面對步步緊逼的張獻忠，秦良玉又被推到了風口浪尖。由於軍隊損失嚴重，為了重整旗鼓，秦良玉一出一半，朝廷只需支付另一半的軍餉，請求邵捷春出兵2萬應急。
但邵捷春與楊嗣昌不合，且倉庫中沒有現成的糧食，一再推脫，不予幫助。自此秦良玉實力銳減。
1643年，張獻忠攻陷武昌，再次進犯四川。清軍乘勝追擊，全四川形勢危急，巡撫陳士奇建議派兵駐守13個關隘，但卻沒有被陳士奇採用。秦良玉又找徐安、劉之勃，劉之勃雖然同意秦良玉的計策，但是卻無兵可派。
1644年，張獻忠領大軍長驅直入，再次進犯夔州，秦良玉率軍前往救援，但最終寡不敵眾。張獻忠攻下成都後，秦良玉對部下說：「我兄弟二人都戰死沙場，我一個婦人，受恩20年，到現在這種地步，也敢與賊勢不兩立。」於是秦良玉分兵駐守石柱境內，張獻忠到處招降四川土司，卻唯獨不敢來石柱。
1646年，遠在福建的隆武帝朱聿鍵派使節專程赴石柱，加封秦良玉為太保兼太子太保，封忠貞侯。同時，在西南的永曆帝朱由榔也封秦良玉為太子太傅，日以四川昭武使。兩年後，秦良玉病逝，終年
