戰國末期，荊軻刺秦失敗犧牲。筆神閣 www.bishenge.com天下第一劍客蓋聶受荊軻所託，護送荊軻之子荊天明躲避秦始皇追殺。
在秦國邊境殘月谷，蓋聶一人擊退三百秦國鐵騎，秦始皇震怒，命丞相李斯務必剷除兩人。
李斯在陰陽家東皇太一的指引下尋訪到了蓋聶的同門兄弟衛莊，衛莊劍術超群卻始終居於蓋聶之下，為奪得天下第一劍的名號，衛莊答應了李斯的要求，殊不知自己已經掉入了東皇太一的圈套。
原來天明在出生之時，身上便被陰陽家偷偷種下「封眠咒印」。
逃亡路上，蓋聶與天明結識了墨家眾高手，以及楚國大將後人項少羽和墨家少女高月，一行人在命運的引領下進入被譽為世間最後一片淨土的墨家機關城。
機關城隱匿於絕嶺雄峰之間，集結了墨家深厚的智慧，是天下所有反秦勢力最後的堡壘，它也是墨家弟子最後的避難所。
面對固若金湯的墨家機關城，趙高先用激將法又一次挑起衛莊的怨恨，繼而又用權力誘惑衛莊，讓他相信只要胡亥登基，衛莊就能擁有自己一直夢寐以求的權力與地位。
為了攻破機關城，秦始皇派出龐大的精銳之師，衛莊找到了公輸家族的掌門公輸仇，公輸仇與墨家世代為仇，機關城嚴密的防守工事受到了前所未有的挑戰。
衛莊刺客團中的數名高手亦紛紛出動，一時間，機關城內殺機迭起、暗流涌動。最終機關城破，被墨家巨子啟動自毀裝置，幾百年建設而成的奇蹟之城毀於一旦。
後荊天明和墨家等人來到了桑海城，聯合儒家，經歷一系列的圍殺與逃遁，伴隨著帝國奪嫡陰謀，上演一幕幕大劇。
與此同時，蜃樓也建造完成，雲中君主持，準備奉始皇之命，東渡尋訪仙山。
這就是秦時明月的主要背景。
其中涉及縱橫家、儒家、墨家、道家、陰陽家、農家、名家、法家、兵家、醫家等等，群星璀璨，思想碰撞，這是一個前所未有的燦爛時代，英雄輩出；也是一個動盪不安的時期，百姓困苦。
故事就從一個叫做蓋聶的人開始。
他被稱為劍聖、天下第一劍、秦國第一劍客、帝國最強劍士。
蓋聶氣質從容淡定，處事冷靜。師出鬼谷，劍術出神入化，被稱為秦國最強的劍客，在江湖上享有「劍聖「的名號，但是卻意外地從秦國叛逃，帶著故人荊軻之子荊天明，亡命天涯。
殘月谷，被帝國三百騎兵追上，一人一劍，屠盡鐵騎，卻也身受重傷。
蓋聶和天明逃亡途中，結識了項氏一族的少羽和墨家月兒等眾人，後前往墨家據地鏡湖醫莊。
而另一邊，衛莊則和秦國達成交易，他先後派出手下的流沙四天王追殺蓋聶一行人。
蓋聶殺無雙鬼、與蒼狼王作戰後，終因傷勢過重而倒下，幸被墨家「鏡湖醫仙「端木蓉所救。
流沙組織殺來，繼續逃亡，前往墨家機關城。
山路上，他們乘坐的馬車被白鳳的大鳥襲擊，跌落山崖。端木蓉、天明、月兒正要繼續前行時，蓋聶卻發現自己中了毒，而下毒的卻是月兒。
月兒是燕國公主，因為她發現了蓋聶的身份，在她的記憶中，蓋聶曾經殺了他的父王燕丹。
她想要蓋聶死。
「其實我早說過，我的命是墨家救的，若墨家讓我死，只要吩咐一聲就可以了！」
蓋聶看著月兒平靜說道。
「啊，有蛇！」
憂傷中的月兒忽然尖叫一聲。
端木蓉、天明和蓋聶立即發現周圍出現了大量的毒蛇，已經將他們包圍住。
毒蛇中，走來一位身穿紅衣，妖嬈萬分，腰間纏繞著一條毒蛇的女子。她掃視一眼四人，看向了蓋聶，嬌笑一聲：「就算死，也要付出代價的？」
「你是什麼人，我看你不是好人！」
天明手指紅衣女子喝道。
「呵呵呵，這位小兄弟，說話要當心，姐姐會生氣的哦！」
紅衣女子美波流轉之間，施展出了幻術。
卻在這時，他們之間的十餘丈高空上，忽然出現一個黑影，驟然墜下，將兩方人都嚇了一跳。
