但是任超卻沒有就此放過這些各地督撫的念頭，在收復了菲律賓，閩浙和兩廣四省之後，時間又過去了大半年，這時候已經到了1898年的9月份，這例行御前會議上，任超上奏光緒帝，彈劾陝甘總督升允，貪贓枉法，賣官鬻爵，縱兵劫掠等十項大罪，要求將升允革職拿問，械送京師交由司法部審訊議罪。並向光緒帝及內閣大臣們出示了升允收受賄賂的一干罪證。任超同時提議新疆巡撫饒應祺數年來治理新疆有功，可擢升為陝甘總督。
同時任超彈劾雲貴總督崧藩與叛逆原兩廣總督德壽暗中勾結，意圖謀反，並公示了在兩廣總督府里搜出了德壽與崧藩暗中來往的書信數十封，其中多有大逆不道之言，要求嚴懲崧藩以儆效尤。
但是任超此舉遭到了李鴻章等內閣大臣的強烈反對，雖然任超證據確鑿，但是李鴻章等人卻以事關重大為由，主張應由皇上派出欽差大臣前往雲貴和陝甘查訪此事，待事情查明，如果屬實再做處置。
光緒帝自然是採納了李鴻章等人的建議，分別派出欽差大臣前往陝甘和雲貴查訪。任超雖然有些不高興，但是也沒有表現出來，只能默默接受了這一現實，但是任超並沒有就此放棄。
李鴻章等人此舉不過就是緩兵之計而已，以防止任超的勢力進一步的膨脹，所以雖然光緒帝指派了欽差大臣，但是欽差大臣遲遲沒有上路，一直拖延了數天。
而這幾天時間裡，任超卻沒有閒著，一直在暗中調兵遣將。就在欽差大臣正準備上路的時候，任超突然以陸軍部的名義發布命令，以加強邊防力量為主，命令駐守廣西境內的兩個師。分別向雲南和貴州挺進。命令寧夏的牛凱旋，派騎兵第二師及步兵一個旅向新疆挺進，另外派出步兵一個旅進入陝西，同時駐守山西的第八師也接到命令分兵數路向陝西進軍。
任超此舉極大的刺激了各地方實力派，雲貴總督崧藩，陝甘總督升允，四川總督恭壽這三位滿清總督發表聯名通電，討伐叛逆任超。但是這也只不過是失敗前最後的叫囂罷了。
在陝西牛凱旋率領大軍，一路勢如破足，僅用了三天時間便兵臨西安城下。不到半天時間便攻破了西安城。陝甘總督升允化妝潛逃，僥倖逃過一劫。逃出西安之後連夜逃往了蘭州，但是虎賁軍兩萬大軍隨即追到了蘭州，於10月中旬攻占蘭州，允化畏罪自殺。截止到11月中旬，虎賁各部成功控制了陝西，甘肅，新疆三省。
在南線，虎賁軍的進展也是相當順利。10月19日便成功攻占了貴陽，11月8日成功攻占昆明，崧藩逃往越南。但是越南的法國殖民當局根本不敢收留崧藩，經過一番交涉之後。於12月初法國殖民當局乖乖的將崧藩交給了虎賁軍。
叛亂發生之後，任超隨即命令長江艦隊封鎖了長江航道，隨後護送東海艦隊海軍陸戰隊七千餘人揚長江西進。兩江總督劉坤一和湖廣總督張之洞情知無力對抗虎賁軍，根本不敢加以阻攔。11月中旬。海軍陸戰隊成功攻占重慶，隨即向成都進軍，於此同時攻占雲南和貴州的虎賁軍各出兵一部夾擊四川。12月初，虎賁軍成功攻占成都，四川總督恭壽被俘。至此西北西南各省叛亂基本被平定了。
&年元旦，任超以陸軍部的名義發布命令，整編全**隊。此舉遭到了李鴻章等人的強烈反對，但是任超以憲法規定，陸軍部有權指揮全**隊為由，予以反駁，堅持對全**隊進行整編，強制收回各地督撫對個地方軍隊的指揮權。
此時各地督撫之中，只剩下了兩江總督劉坤一和湖廣總督張之洞。其中兩江總督本來下轄三個省，分別為安徽，江蘇，江西。而之前虎賁軍早已經控制了安徽省，隨後在接管南洋水師之後，組建了東海艦隊和長江艦隊兩支艦隊。這兩支艦隊下轄有海軍陸戰隊一個師又一個旅，共計兩萬餘人，全部駐守在南京和上海附近的沿海沿江地區，也就是說江蘇省的大多數的主要城鎮其實都在虎賁軍的嚴密控制之下。何況在安徽，浙江，廣東等與兩江接壤的地區，虎賁軍還駐紮著整整六個師的陸軍。雖然劉坤一手中手握五萬南洋新軍，但是也不敢輕舉妄動。
而湖廣總督張之洞，雖然手裡也有著三四萬新軍，但是此前虎賁軍一個所謂的工程部隊一萬多人已經以修築京漢鐵路為由進入了湖北省，現在就駐紮在離武漢城不足百里之處，雖然說是
