當朱由校接到葉爾羌汗國進犯玉門關的報告之後，立即召集了統帥部眾臣，商討收復西域的問題。
「啟稟陛下，葉爾羌汗國原本已經分裂，然而去年阿不杜拉向繼位之後，已經開始重新統一葉爾羌汗國。若是放任他們繼續到處擴張，也許不用不了幾年，葉爾羌汗國就會控制整個西域。」負責研究敵國情報的錦衣衛副指揮室許顯純對朱由校說道，如今錦衣衛對外情報系統已經開始到處鋪設，重點的情報偵查對象還是蒙古以及葉爾羌汗國。
「那蒙古那邊是什麼動向？」朱由校問道。
「林丹汗可能在準備重新征討漠北蒙古，不過漠北蒙古和漠西蒙古今年卻是走得很近，好像有聯合的意圖。」許顯純匯報道。
如今蒙古分為三個部分，分別是漠南、漠北、漠西，漠南蒙古就是林丹汗率領的，可以作戰的男丁有四十萬，經過和明王朝的戰爭過後，如今有十萬戶蒙古投靠了大明，加上戰爭的損耗，林丹汗能動員的兵員只剩下了二十萬出頭。
漠北蒙古則是喀爾喀部，前幾年被林丹汗欺負得不要不要的，於是和林丹汗簽訂了城下之盟，不過看林丹汗被大明擊敗，直接就翻臉了。
漠西蒙古則是准喀爾部，生活在准喀爾盆地，控制著天山南北，以及伊犁河谷等地，其地盤往北擴張到了阿爾泰山，往西擴張到了巴爾喀什湖地區，這是一個正在迅速崛起的蒙古部落。
而此時葉爾羌汗國也在重新崛起，一時間西北地區的異族勢力有些錯綜複雜。
「諸位愛卿，你們以為若是林丹汗與漠北、漠西蒙古開戰，誰勝誰負？」朱由校對眾人問道。
「啟稟陛下，臣以為林丹汗勝算較大。」盧象升分析道：「林丹汗率領的漠南蒙古雖然被朝廷擊敗，並且損失了大片草場和人口。但如今貿易已經恢復，而且我大明還向林丹汗出口了一些武器裝備。憑藉著這些優勢，漠北、漠西蒙古即便聯合。也未必是林丹汗的對手。倘若漠北與漠西蒙古聯合，以林丹汗的實力要想吞下他們也不容易。」
朱由校點了點頭，孫傳庭說道：「如今西北地區分裂的格局對我們大明最為有利。任何一個可能統一西北地區的勢力對我們大明來說都是威脅。葉爾羌汗國既然主動進犯我大明疆土，確實是天賜良機。朝廷可一舉將其殲滅，然後全面介入西北局勢，以確保西北異族不會出現統一格局。」
「孫愛卿所言有理，不過要消滅葉爾羌汗國，得朝廷不會陷入戰爭泥潭。要儘快解決他們。」朱由校點頭道：「諸位拿一個作戰方案出來吧！」
「啟稟陛下，通往甘肅的公路明年開春前就可以修通，屆時征伐葉爾羌汗國，在後勤上可以得到有力保證。」孫傳庭說道：「因此出兵可以安排在明年開春之後。而我們的騎兵部隊也已經擴充到了十萬的規模，可以抽調一半用於作戰。野戰軍亦可抽調十萬以上的兵力用於作戰，滅葉爾羌汗國足以，不過只消葉爾羌汗國的話，四周都是異族，國防邊境線將會非常漫長。」
「所以戰略上，我們可以先滅葉爾羌汗國。再滅准喀爾部，以及青海和頤部。將四周掃平，最後剩下的也就是漠南蒙古和漠北蒙古。林丹汗如今又想繼續進攻漠北，我們大可向漠北喀爾喀部出口一批武器裝備，以均衡雙方力量。」
……
就在朱由校召開統帥部會議的時候，輿論上也開始發力了。葉爾羌汗國進犯玉門關的消息隨著報紙迅速傳遍大明各省，人們的注意力頓時被吸引到了西域地區。《大明日報》等報紙開始不斷的重提西域歷史，一場收復西域的輿論被迅速醞釀了出來。
《大明日報》：「西域自古就是我華夏領土，北宋時期因放棄西域，導致異族壯大。最終蒙古統一西北各地，釀成了蒙古入關之禍。今聖天子統御四方，西北異族進犯大明，無異是自尋死路……」
一番輿論醞釀之後。很多大明百姓都對葉爾羌汗國的行為憤慨起來，紛紛支持朝廷出兵制裁葉爾羌汗國。
最高統帥部會議過後，朱由校隨即開始調兵遣將。
此次戰爭戰略目標明確，那就是收復整個西域地區，並建立一個穩固而安全的西域國防。
因此消滅對象不僅僅只是葉爾羌汗國，占據准
