明代全國有超過一千個驛站，其中四川最多，水陸驛站一共199個。如何整頓驛站成了朱由校當前面臨的一大難題。
如今的驛站，實際上很多私人都在使用。並非是什麼軍務、政務才能快馬傳遞，很多商人也在用驛站進行信息的傳遞，八百里加急同樣也服務於商人，畢竟商人有錢，賄賂一下驛卒就行了。
就在朱由校考慮著如何整頓驛站的時候，熊延弼已經進京了。
朱由校連忙召見了熊延弼，熊延弼參見過後，對朱由校問道：「不知陛下召微見臣所為何事？」
熊延弼在皇帝面前淡定得很，反正無官一聲輕。
「熊愛卿，朕此次召見，是想請你代朕巡視九邊，整頓一番九邊軍紀。熊愛卿以為如何？」朱由校對熊延弼問道。
「陛下聖明，九邊軍紀馳廢，武將欺壓軍戶，若再不整頓，九邊難以安寧。」熊延弼神色頓時振奮了起來，沒有了之前那種應付的態度，十分爽快的說道：「微臣願為陛下巡視九邊。」
「好，熊愛卿願意替朕巡視九邊，朕是最為放心的。」朱由校高興的說道，一邊向熊延弼表露一些信任，試圖進一步籠絡。熊延弼微微一躬，拱手道：「多謝陛下。」
「這樣，熊愛卿此去巡視九邊，定然會遇到許多被欺壓的軍戶，這些軍戶生計無著，肯定是需要朝廷接濟，朕給你100萬兩，你視情況接濟九邊軍民。另外愛卿手持尚方寶劍，朕再派兩千京營任你調用，愛卿若發現武將欺壓軍戶、剋扣軍餉，皆可先斬後奏。」朱由校對熊延弼說道。
熊延弼聽了愣了片刻，沒想到皇帝竟然給了這麼強力的支持，看來是真的決心整頓邊軍了。
「陛下英明。」熊延弼稱讚道，他儘管嘴巴臭，但是對皇帝卻是不敢放肆，同時皇帝也不是那種什麼都不懂的草包。
「再有一個，朕決定從九邊抽調兵力前來京城輪訓，從而逐步將所有邊軍編製成京營，再派往戍邊，愛卿以為如何？」朱由校問道。
「陛下，您整頓了京營之後，京營風氣確實煥然一新，可是九邊軍戶儘管需要朝廷軍餉，然而更多卻是自給自足。若是全部變成京營編制，恐怕這軍費就是海里去了。要知道邊軍可是有八十多萬。」熊延弼連忙勸道，如果把八十多萬邊軍搞成京營編制，那軍費需求確實太驚人了。
「也不是一次性都編練成京營，而且八十多萬邊軍定然也存在一些老弱病殘已經空額，最後能編個五十萬已經最多了。雖然所需軍費頗多，不過第一批先編練十萬還是沒問題的。」朱由校說道，他這個計劃已經想出來很久了。
把邊軍分批抽調到京城整訓，把軍官全部換成講武堂培訓出來的，講武堂培養出來的軍官全是漢皇黨成員，是經過政教部思想教育的，忠誠度沒有問題。就算是個別一兩個洗腦不太徹底，但只要其他忠誠度高的軍官存在，就會形成一種『勢』。
編練出一批，就調回九邊駐守，然後編練第二批，只需要幾輪過後，九邊的邊軍就全部變成京營編制了，進而校可以輕鬆指揮。同時還可以杜絕剋扣軍餉的問題，邊軍編練成京營之後，軍餉都是直接打入他們的銀行賬戶，不過武將之手。
「陛下既然已有決斷，臣定當全力配合。」熊延弼實際上並不是太贊同這個決策，主要還是軍費問題。但是如果能夠成功，倒是可以徹底整頓邊軍問題。既然皇帝說能解決軍費，那他還擔心什麼，照做就是了。
「辛苦愛卿了。」朱由校連忙說道，接著把孫傳庭傳召入宮，留著熊延弼一起在宮內吃了頓午飯。
如何整編邊軍，朱由校只是出銀子和決策，具體實施還是要孫傳庭這個兵部尚書來主持，以及熊延弼到邊關各鎮執行。
「此次整頓，除遼東外，在薊州鎮、宣府鎮、大同鎮、太原鎮、延綏鎮、寧夏鎮、固原鎮、甘肅鎮，每個鎮按照八分之一的比例，抽調十萬青壯士兵前來京師，沿途糧草要提前準備，不可使士卒途中譁變。」朱由校交代道，每個鎮八名邊軍中抽取一人，則不會對邊防造成太大的影響。
另外此次抽調的並不一定需要精兵，只需要年輕力壯者便可。邊軍的身體素質實際上是很不錯的，特別是寧夏、甘肅等鎮，那裡的士卒以力氣
