為了防範禁衛軍水師從秦淮河再次進攻，袁崇煥抽調了足足三萬軍隊，在江東門到秦淮河之間修築了多達三處營壘，並在距離秦淮河的營壘中設置炮台，抽調火炮近百門，用以封鎖秦淮河水面。
袁崇煥軍中本就有火炮，又從外城各城門繳獲不少火炮，都搬運到了炮台。
為了修築營壘炮台，下令拆了外城多處宅院，其中不少宅院屬於剛剛投效袁崇煥的勛貴或士紳，不過這些宅院主人都表示理解和支持。畢竟若是袁崇煥失敗，這些剛剛投效的勛貴也沒有好下場，相反若是袁崇煥成功攻占整個南京，扶持朱由崧登基，他們得到的好處遠不止幾座宅院。
袁崇煥動作很快，修築炮台搬運火炮只用了兩天時間。李彥直得到消息再次派兵乘船來襲時，在秦淮河中的船隊遭到了猛烈的炮火襲擊，一艘江船被擊沉，兩艘江船被重創，士兵損失數十人，眼看再繼續向前損失太大，領兵的張煌言果斷下令撤兵。
不過李彥直水師火炮數量更多威力更大，其中光是紅夷大炮就有百門之多，比拼火力絲毫不怕！李彥直下令，把紅夷大炮從海船上卸下二十餘門，運到距離反賊營壘兩里處，準備對反賊炮台展開反攻。
反賊的火炮大都是普通的佛郎機、碗口銃、虎蹲炮，有些甚至是洪武年間的火炮，無論射程還是威力都遠不如紅夷大炮。雙方炮戰結果將可想而知。
但即便是紅夷大炮，命中率也低得可憐，炮戰必然耗費時日，並非短時間能夠出現結果。
除了設置營壘炮台封鎖禁衛軍水師襲擾路線以外，袁崇煥把主要精力放在了經略外城、準備攻城事宜上。
南京內城太過堅固，袁崇煥並沒有急著攻城，而要做好充足的準備。
在張溥錢謙益的支持下，整個外城的士紳士子都被動員了起來，再加上投效的勛貴們，大半個南京城的上層都選擇了支持袁崇煥。
袁崇煥也選擇了充分放權，大量任用投效的士子士紳勛貴，同時下了一道命令，外城所有人家都必須出男丁編入鄉勇，用以協助大軍攻城。
雖然南京的大部分人口都在內城，但外城仍生活著四五十萬人，把男丁都徵召起來得到七八萬鄉勇完全沒有問題。
而不止是南京外城，張溥等投效的士子被袁崇煥代表監國朱由崧任命為使者，分別派往南京周邊的寧國、太平、徽州、池州等府，掌管周邊各府的同時，抽調人力物力支援南京城。
復社、東林黨在江南士林中影響非常大，江南各府士紳的力量也比北方省份大的太多，而江東四府士紳的遭遇早讓其他府縣士紳心驚不已，生怕皇帝也來均田釋奴，故說動各府士紳支持靖難軍完全沒有問題！即便地方官府不願造反，但各府是士紳們的天下，相對於士紳們來說，官府的力量太過薄弱。
果然，當張溥等人到達各府之後，各府士紳官員紛紛表示支持靖難軍，支持監國朱由崧。其後，張溥等人在各府同樣徵召了鄉勇，然後士紳們募集了大量錢糧物質，連同鄉勇一起送到南京，使得袁崇煥手中的實力越來越強大。
與此同時，袁崇煥也沒閒著，發動手中軍隊和外城鄉勇，開始做攻城的準備。
徵召了外城所有鐵匠木匠，開始打造雲梯、撞門錘、呂公車等攻城器械。同時每日都派大量人手去填護城河。
秦淮河繞南京西南而過，但卻沒有經過南京城東，城東的護城河還是挖掘的護城河，遠沒有秦淮河那麼寬闊。
秦淮河太寬，想填平太困難，袁崇煥便把攻城的方向放在了東北兩面，特別是城東，從朝陽門到正陽門之間這段城牆，最是適合。
袁崇煥一聲令下，動員了數萬鄉勇填壕，楯車的掩護下，用了十數日時間，填平了七八里長的護城河。為此也付出了數千鄉勇傷亡的代價，幸好洪承疇手中兵力太少，能動用的火銃火炮數量不足，否則傷亡會更大。
填平壕溝後，就可以開始著手攻城了，若是有威力巨大的紅夷大炮的話，完全可以憑藉火炮轟塌城牆，攻城將會變得非常容易。但是袁崇煥手中雖然有很多火炮，紅夷大炮卻是一門也沒有。想憑普通的火炮轟塌堅固的南京城牆實在太難。
沒法火炮攻城，只能用原始的攻城方法。袁
