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在安東尼·佩德羅總督的授權下，埃米爾斯准將出任馬尼拉的城防司令。上任之後，埃米爾斯准將立刻開始整頓馬尼拉的防務。原本廢棄的岸防炮台，開始加固。鏽跡斑斑的岸防炮，也進行了更換。只不過，馬尼拉沒有大口徑的岸防炮，只能夠在岸防炮台上部署一些艦炮。這是馬尼拉的造船廠為呂宋艦隊準備的，以便能夠及時更換艦隊中損壞的艦炮！
不過，這個時候才開始整頓防務，已經晚了。埃米爾斯准將對於能否守住馬尼拉，也完全沒有信心，他所做的，只不過是盡人事聽天命而已。在埃米爾斯准將手中，只有兩個步兵團而已，總共五千餘人。而此刻他們已經知道新華軍的陸軍總兵力在兩萬人以上。雙方的差距達到了四倍！為此，埃米爾斯准將不得不在呂宋的西班牙人當中招募軍隊，將軍隊的總人數擴大到了一萬人左右。只不過，這些倉促之間招募，沒有經過系統的訓練的新兵能夠在戰鬥當中發揮多大的用處，埃米爾斯准將也不知道。
為了能夠守住馬尼拉，埃米爾斯准將只得採取其他的辦法。馬尼拉的華人不少，總人口比西班牙人都還要多得多。埃米爾斯准將提議將這些華人全部抓起來，以逼迫新華軍，為馬尼拉爭取足夠的時間。只不過，這個建議卻沒有得到安東尼·佩德羅總督的同意。西班牙和那些野蠻的土著不同，如果採用這樣的方式的話，聲譽肯定會受到極大的影響的。另外一點，居住在馬尼拉的華人，在得知出征新華國的西班牙軍隊全軍覆沒之後，大多數人見勢不妙，已經逃離了馬尼拉，逃到鄉下去了。想要抓到足夠多的華人，那可沒有那麼容易。最為重要的一點則是，新華國皇帝龍宇飛給安東尼·佩德羅總督寫了一封親筆信。如果西班牙方面敢拿當地的華人的生命來作為威脅的話，一旦戰爭開始之後，新華軍將會把生活在馬尼拉的西班牙人全部殺光。這使得安東尼·佩德羅總督不敢採用卑鄙的方法，害怕新華軍會以牙還牙。在安東尼·佩德羅總督的觀念當中，西班牙人的生命可要比華人的生命重要多了。即便將呂宋群島的華人全部殺光，也比不上生活在馬尼拉的幾萬西班牙人的。因此，新華軍的西班牙殖民地軍隊之間的這場戰爭，成為了一場堂堂正正的戰爭！新華軍將依靠絕對的實力來打敗西班牙殖民軍，奪取呂宋群島的統治權！
馬尼拉是建在巴石河兩岸，是呂宋群島最大的城市，也是西班牙在呂宋殖民統治的中心。
5月26日，經過5天的航行之後，新華國海軍第一艦隊護送著搭乘商船的陸軍第一旅進入了馬尼拉灣，直接向馬尼拉殺去。當艦隊進入馬尼拉之後，立刻被西班牙人給發現了。整個馬尼拉進入了緊急戰備狀態。
「總督閣下！那些黃皮猴子已經來了！一共12艘新式戰艦以及二十多艘商船。預計這些商船上，至少運輸了超過五千名陸軍士兵！」埃米爾斯准將第一時間向安東尼·佩德羅總督報告道！
「埃米爾斯將軍，馬尼拉的安危就交給你了。上帝會保佑你的，我堅信，我們會堅持到最後的！」安東尼·佩德羅總督說道。實際上，連他自己也知道，要守住馬尼拉一年，堅持到從西班牙趕來的援軍抵達，那幾乎是不可能的。但是，他還是不死心，希望能夠奇蹟發生。
「是，總督閣下！英勇的西班牙軍隊會盡力打敗那些黃皮猴子的！」埃米爾斯准將說道。
整個馬尼拉都慌亂起來了，大量的西班牙人向總督府趕去。似乎那裡才是最安全的地方。只不過，小小的總督府，怎麼容納的下幾萬人？最終，只有一些官員和大商人被允許進入總督府避難，其餘的西班牙人都被安置到了軍營當中。
此刻的馬尼拉，華人已經沒有多少了。在新華軍出兵之前，派遣到馬尼拉的情報人員就同馬尼拉的華人大家族取得了聯繫，告訴了他們新華軍將對馬尼拉發動進攻。因此，在這些華人大家族的主持下，百分之九十以上的華人都逃離了馬尼拉，逃到了鄉下去了。對於新華軍的到來，廣大的華人是早就期盼了的。最開始的時候，馬尼拉的華人大家族並不看好新華國，為了自身的安全，甚至是不願意和新華國保持接觸。不過，隨著新華國越來越發展壯大，橫掃了摩洛人的三個蘇丹國，並且還全殲了來襲
