為「靖安公」，出任右軍節制使，而他兩個兄長分別為中、左軍節制，同掌兵權。九月初五日，李成桂將王位禪讓給李芳果。十二月，李芳遠三兄弟被補錄為一等開國功臣。
失去王后康氏和兒子李芳蕃、李芳碩之後，李成桂患了一種像火一樣堵塞喉嚨說不出話的疾病。定宗李芳果不喜歡散發著血腥味的漢城，建文元年（1399年），李芳果以參拜神懿王后韓氏的陵墓為由，前往開京，就在開城壽昌宮定居。包括李成桂、李芳遠在內的王室成員也都遷居開京。
李芳遠三兄弟中，李芳毅無意王位，而李芳干和李芳遠的野心產生了衝突。建文二年（1400年），兩人的矛盾終於爆發，引發了「第二次王子之亂」（庚辰靖社）。李芳遠與李芳干在開京街頭火拼，最終李芳遠取得勝利，李芳干被流放。建文二年（1400年）二月初四日，李芳遠被立為儲君。有大臣建議稱他為「王太弟」，但李芳果表示自己「以弟為子」，故稱「王世子」。十一月十一日，李芳果將王位禪讓給李芳遠，李芳遠「涕泣不受」，最終「不獲已受之」，兩天後即位於開京壽昌宮。
經過兩次變亂，痛失愛子和寵臣的李成桂對李芳遠極其反感，時常離京出遊。建文四年（1402年），李成桂借去故鄉咸州祭拜祖陵的機會，策劃安邊府使趙思義起兵反抗李芳遠。李芳遠迅速平息了叛亂，但只殺了趙思義等十六人，並未追究李成桂及其近臣的責任。此後，李芳遠一面加強對李成桂的監視，一面極盡「孝養」之能事，直到六年後李成桂去世。
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五、鞏固王權
李芳遠即位後，立即採取了一系列措施鞏固自己的王權。首先，他派簽書三軍府事李詹赴南京，向明廷奏聞自己的即位情況。明惠帝朱允炆批准了李芳遠的襲位請求，建文三年（1401年）六月，明惠帝派遣通政寺丞章謹和文淵閣待詔端木禮前來朝鮮，正式冊封李芳遠為朝鮮國王。六月十二日，李芳遠率領百官至漢城宣義門外迎接明使，並在無逸殿接受了冊封。這一舉動不僅得到了明朝的認可，也增強了他在國內的權威。
然而，就在李芳遠鞏固王權的同時，明朝爆發了靖難之役，朱棣（後來的明成祖）起兵反對建文帝朱允炆。儘管如此，朝鮮依然與明朝的建文政權保持了朝貢關係，兩國的使臣往來頻繁。建文四年（1402年）十月，李芳遠任命河侖和李詹為賀登極使，前往明朝祝賀明成祖朱棣登上皇位。同時，他們向明朝禮部申請更換爵命印章。明成祖朱棣對李芳遠的「識時通變」大加讚賞，遂派遣都指揮使高得和左通政趙居任前來朝鮮冊封。永樂元年（1403年）四月八日，李芳遠再次接受明朝的冊封，正式成為朝鮮國王。
永樂元年（1403年）正月，李芳遠派遣使臣前往明朝朝貢，同年四月，他又派遣臣子李貴齡入貢。李芳遠在奏文中提到父親李成桂有疾，需要龍腦、沈香、蘇合、香油等物，並請求與明朝互市。明成祖朱棣對李芳遠的請求表示讚賞，嘉獎他熟悉中國的禮節，並賜給他金印、誥命、冕服、九章、圭玉、佩玉等物。這些賞賜不僅提升了李芳遠的威望，也加強了朝鮮與明朝的友好關係。
當時，朝鮮王室已經遷居開京（松京）數年，但宗廟仍在漢城。永樂二年（1404年）七月，李芳遠以「天變地怪，屢彰警告」為由，指示群臣討論是否還都漢城或將宗廟遷到開京。群臣多數傾向於後者，但李芳遠不滿意這一結果，命令維持現狀。九月初一日，太上王李成桂傳旨要求還都漢城，李芳遠以此為依據，決定第二年還都。同時，他還以鄭道傳所建的景福宮風水不佳、是「山囚水渴、虜王滅族」的凶地為由，下令在漢城修建一座新的離宮，即昌德宮，供自己還都後常住。
永樂三年（1405年）十月十一日，李芳遠帶領王室成員回到漢城，二十日住進了剛剛建成的離宮昌德宮。昌德宮的建成不僅解決了李芳遠的居住問題，也象徵著朝鮮王室的重新紮根漢城。此後，李芳遠再也沒有遷都，除了朝鮮宣祖、仁祖時期因戰亂而短暫逃離外，昌德宮一直作為朝鮮王室的主要宮殿。
