一、早年從軍
耿仲明的早年經歷頗具傳奇色彩，他在後金興起之初便投降了後金，並在那裡擔任了千總一職。不過，耿仲明並未久留於此，而是率領遼民投奔了明朝的皮島，加入了總兵毛文龍的麾下。毛文龍非常賞識耿仲明，不僅收他為養孫，還賜名為「有傑」，並讓他掌管軍中的財務及貿易事務。耿仲明身材魁梧，皮膚黝黑，但手掌卻異常白皙，這讓他在軍中顯得格外與眾不同。他以勇猛善戰著稱，同時為人豪爽且機智狡猾，深受毛文龍的信任和倚重。
然而，毛文龍的命運在崇禎二年（1629年）發生了轉折，他被督師薊遼的袁崇煥所殺。毛文龍死後，耿仲明對新任總兵陳繼盛並不服氣，於是選擇離開皮島，轉投登萊巡撫孫元化帳下。在孫元化的麾下，耿仲明與孔有德共事，兩人關係密切，孫元化任命耿仲明為中軍參將。
到了崇禎四年（1631年），皮島上發生了一件大事。當時總兵黃龍鎮守皮島，他的部將李梅私下勾結外敵，從事走私活動。事情敗露後，黃龍將李梅逮捕入獄。耿仲明的弟弟耿仲裕也在皮島上任職都司，他借著為士兵們討要軍餉的機會，帶領手下士兵包圍了黃龍的衙門。耿仲裕強迫黃龍交出李梅，並對其進行了殘酷的虐待，打斷了他的腿，割掉了耳朵和鼻子，企圖置黃龍於死地，幸虧其他將領及時阻止，才沒有釀成更大的悲劇。
不久後，黃龍在另一位將領尚可喜的幫助下重新奪回了權力，並下令抓捕了耿仲裕。隨後，黃龍上書朝廷，請求追究耿仲明的責任。與此同時，孫元化也向朝廷呈上了奏摺，控訴黃龍貪污軍餉，指責正是黃龍的貪腐才導致了此次兵變的發生。此事引起了崇禎皇帝的關注，他派遣使者前來調查此事，試圖查明真相。
後來，明朝大臣楊嗣昌對此事發表了自己的看法，他認為這起事件實際上是孫元化與黃龍之間權力鬥爭的結果。整個事件不僅揭示了明朝末年地方官員間的矛盾和腐敗現象，同時也暴露了中央政府對地方控制力的削弱。耿仲明及其弟弟耿仲裕的行為，雖然出於個人恩怨，但也反映了當時軍中普遍存在的混亂狀態。
二、作亂登州
崇禎四年（1631年）的冬天，孔有德等將領奉命出兵抵禦後金，但在行軍途中卻發生了吳橋兵變。孔有德率領軍隊返回山東，意圖攻打登州。起初，孔有德希望能夠得到明朝政府的安撫，孫元化作為登萊巡撫，主張採取安撫政策，命令耿仲明前往城外的教場進行安撫工作。
按照計劃，孫元化希望將城外教場居住的遼兵家眷遷入城內，以便騰出空間供步兵使用。然而，登州的士紳階層對遼人持有歧視態度，拒絕讓遼人及其家屬進城。這種歧視性行為引發了遼兵的不滿，據傳士紳甚至對城內的遼兵進行了搜剿和殺害。在這種背景下，耿仲明利用了遼東同鄉的情感紐帶，充當了孔有德的內應，於翌年的正月初三獻出了登州城。孔有德占據登州後，自立為元帥，並任命耿仲明為總兵官。同時，耿仲明還殺害了駐守登州的總兵黃龍的家眷。
隨後，孔有德繼續率軍攻打萊州，留下耿仲明鎮守登州。耿仲明在此期間多次擊退了前來進攻的官軍。天津的裨將孫應龍聲稱與耿仲明有著深厚的友誼，甚至可以勸說耿仲明捉拿孔有德歸降。天津巡撫鄭宗周聽信了孫應龍的話，於崇禎五年（1632年）四月派遣孫應龍率領兩千人從海上前往登州，意圖離間耿仲明與孔有德的關係。
耿仲明得知這一消息後，決定將計就計。他製造了一個假象，讓人相信他已經殺了孔有德，並將假的首級展示給孫應龍看。當孫應龍進入登州城時，耿仲明率軍突然出擊，不僅斬殺了孫應龍，還將他的部眾全部消滅，並繳獲了明軍的大型戰船，以此組建了自己的水師。
三、降金封王
隨著明朝官軍不斷加強攻勢，孔有德、耿仲明等叛軍逐漸陷入困境。到了崇禎六年（1633年）二月，孔有德、耿仲明等人不得不放棄登州城，撤退到海上。明朝的將領黃龍、周文郁等率各路官軍緊追不捨，使得耿仲明等人處於極其不利的地位。
耿仲明作為曾經投降後金的逃將，最
