弱，意主持重以待。帝以為然，但陳新甲主張速戰速決，堅持要求分四道夾攻，遣張若麒遊說，同時親自寫信激洪承疇出兵。結果大敗，明軍被圍殲，洪承疇被俘虜，後終於降清，松山、錦州相繼失守，言官皆彈劾新甲、張若麒之失誤，陳新甲乞罷不許。
陳新甲很有才幹，曉習邊事，但是不能以廉潔自持，所使用的都是他欠了人情債的軍官，他和宮廷中的宦官深相結交，引以為援，其中與司禮王德化尤其親近，所以言官批評他都不能使皇上入耳。李自成入河南，開封屢被圍，他郡縣失亡相踵，總督傅宗龍、汪喬年出關討農民軍，先後斃命。言官劾新甲者，章至數十，新甲請罪章亦十餘上，崇禎帝總是慰留他。
早先，陳新甲因為南北交困，派遣使者來與大清議和，背地裡告訴過傅宗龍。宗龍離開京師時，把這事告訴了大學士謝升。謝升後來看到疆事大壞，就把宗龍的話講給了崇禎。崇禎帝召陳新甲過來質問，陳新甲叩頭謝罪。謝升進言道：「那邊如果肯議和，和也可以。」崇禎帝默然不語。不久，指示陳新甲秘密進行這件事，朝廷裡邊人們都不知道。後來言官有一回去拜見謝升，謝升說：「皇上的意思是主張議和的，希望你們不要多話。」言官一聽大為吃驚，紛紛上書彈劾謝升，謝升於是被罷官而去。崇禎帝在把議和一事交給陳新甲以後，和他手詔往返過幾十次，都告誡他不要泄漏出去，朝廷里人們漸漸知道了，所以屢屢上書爭議，但是他們都沒有掌握到證據。
崇禎帝密使他與清兵圖和議，兵部職方馬紹愉從邊關發回議和條件的密函，陳新甲置於案上，其家童誤以為是塘報，交給各省駐京辦事處傳抄，事起泄露，群臣譁然，給事中方士亮首先舉報他，崇禎帝惱火極了，把奏疏壓在宮中不發下。過後，頒發一道嚴厲的聖旨，嚴厲批評新甲，要他自我解釋。
陳新甲不引罪自責，反自詡其功，崇禎更加憤怒，將陳新甲下獄，新甲從獄中上書乞宥，崇禎不許。新甲只得賄賂高層，給事中廖國遴、楊枝起等多方營救，刑部侍郎徐石麒據不答應，大學士周延儒、陳演亦大力援救，並且說：「按照國法，敵兵不打到城下來，不應當殺掉兵部尚書。」崇禎說：「別的不說，使我的七位親王遇害、受辱，不比敵兵打到城下更嚴重嗎？」。刑部侍郎徐石麒曰：「人臣無境外交。未有身在朝廷，不告君父而專擅便宜者。新甲私款辱國，當失陷城寨律，斬。」斬於市，陳新甲既死，明朝喪失最後一次議和的機會。
陳新甲受到過楊嗣昌的引用，他們的才能、心術相似。在兵部期間，軍書往來頻繁，陳新甲馬上可以裁答，從不拖延。崇禎帝起初很信任他，後來特別討厭他泄漏機密，並且暴露了主上的缺點，因此毫不遲疑地殺掉了他。此後，給事中沈迅極力抨擊陳新甲的過失，崇禎帝說：「假使你是新甲，恐怕還不如他。」沈迅慚愧地退了出來。
