袁世凱得勢後，馬上奏請由馮國璋接替蔭昌第一軍軍統職務。馮國璋即按照袁的指示，調兵遣將，作好進攻準備。當清廷被迫授袁世凱軍政全權以後，袁才命令馮國璋攻打漢口和漢陽起義新軍。於是馮命令部將李純、王占元和陳光遠，指揮三協北洋軍輪番猛攻。起義新軍面對北洋軍的猛烈攻勢，化整為零，躲在漢口街道兩邊的建築物內狙擊北洋軍的進攻。馮國璋見起義新軍拼死抵抗，難於長驅直入，便決定放火燒毀街道兩旁的商店和民房，使起義軍無法存身。11月1日，馮借風勢命令士兵放火，烈火由北而南，由東而西，一時間整個漢口便成了火海，三天三夜未熄，使方圓30里的繁華商埠傾時成為一片焦土，商民損失不可計算。攻陷漢口後，11月27日馮國璋又指揮北洋軍攻占了漢陽。此一役後，馮國璋被清廷加封為二等男爵。正當長江一鼓可渡、武昌垂手可得之時，袁世凱為了借用革命力量迫使清帝退位交權，密令馮國璋「按兵不動」。馮一時摸不著袁世凱的意圖，並對袁產生懷疑，於是親自赴京托人向隆裕太后啟奏，請求撥給餉銀400萬兩，可獨力平定「叛亂」。太后表示，400萬兩餉銀一時難以籌劃，但可以先撥發3個月的餉銀，並準備臨朝時召見馮國璋。不料袁世凱搶先一步見了太后，使馮國璋的如意算盤成為泡影，甚至還差一點被袁世凱幹掉。不久，段祺瑞迅速抵達漢口，接替了馮國璋指揮北洋軍的職務。
12月15日，袁世凱命令馮國璋離漢赴京，任禁衛軍總統，兼察哈爾都統。禁衛軍是1908年組建的一支保衛清王朝的武裝，共一師二旅，計1．2萬人。除步兵第三標是漢人外，其餘各部官兵全系滿蒙人。馮國璋之所以能以漢人統帥禁衛軍，是因為他以前曾為陸軍貴胄學堂總辦，且近在漢陽之役又被封二等男爵，再加上1912年1月1日孫中山就任中華民國臨時大總統後，袁世凱曾指使馮國璋等15名北洋將領發表了「誓死擁護君主立憲，反對共和政體」的通電，因此，王公貴族都認為他效忠清室，予以信賴。馮國璋被清廷任命禁衛軍總統，從而完全掌握了京畿防務大權。
袁世凱逼迫清帝退位，遭到禁衛軍官兵的反對，以致議和條件遲遲不能發表。這時，馮國璋決心助袁一臂之力，親赴禁衛軍總部召集全體官兵，高聲宣布大清皇帝辭位後之優待條件，對于禁衛軍額數俸餉亦仍維持不變，聲言非此不能保全皇室。馮並以身家性命擔保，尊號仍存不廢，讓權不讓位，兩宮保全及禁衛軍待遇皆擔保到底，無論個人調任何職，必仍以禁衛軍自隨。於是一場企圖阻礙清帝退位的禁衛軍風波被平息下來，馮國璋在關鍵時刻為袁世凱篡權立下了汗馬功勞。1912年9月，馮國璋出任直隸省都督兼民政廳長。1914年晉升為陸軍上將。因此成為袁世凱的左膀右臂。1913年7月，「二次革命」爆發。15日黃興在南京宣布討袁。23日，馮國璋受命出任江淮宣撫使率部由津浦路南下，不久攻陷了宿縣、蚌埠和滁縣各處，8月6日直達浦口。16日，他的女婿、參加反袁鬥爭的南京第八師師長陳之驥，率少數衛兵偷偷過江向岳父投降。陳將南京群龍無首的混亂情況及其設防布局向馮國璋作了詳細匯報。馮國璋喜形於色，對陳之驥說：「你提供的情況很是重要，待我揮軍渡江，我倆裡應外合，攻下南京，給你立個首功。」隨後，馮國璋會合張勳辮子兵及劉冠雄海軍，部署了聯合攻克南京的作戰計劃。南京何海鳴率討袁軍與北洋軍鏖戰半個多月。8月29日，在海軍的配合下，北洋軍從四面完成了對南京城的包圍。31日，馮國璋下令發起總攻。張勳用挖地道埋炸藥炸城牆的辦法，炸毀太平門的一段城牆，於9月1日清晨攻入太平門，率先進入南京城。中午，馮國璋所部亦攻入南京城。入城後北洋軍如同野獸一般，恣意燒殺淫掠，南京商民家破人亡者，不可勝數，許多婦女被**後投秦淮河自盡。張勳辮子軍獸行尤甚。馮國璋因攻占南京有「功」，被袁授予一等文虎章。南京陷落，「二次革命」宣告失敗。袁世凱深知南京虎踞龍蟠的戰略地位對他控制南方至關重要，因此他本來打算在攻克南京後任命心腹大將馮國璋為江蘇都督，然而事不湊巧，因為馮國璋在攻占南京前夕，允諾了張勳提出的「先攻入城者為都督」的協議，張勳不惜辮軍慘重傷亡，搶先一步攻入南京，馮國璋只得保舉張勳為江蘇都督。9月10日，
